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SSR (Simple Sequence Repeats)标记也称为微卫星DNA (Microsatellite DNA),是一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术,SSR标记通常包含单、二、三、四、五、六核苷酸六种重复类型,并且伴有特定的侧翼序列。SSR标记作为一种理想的遗传标记除了具有易于检测、多等位基因多态性、共显性遗传等特质,还具有RFLP以及AFLP标记所不具备的优越性,在技术简单性要求、标记产量水平、以及标记开发自动化方面也优于SNP标记。玉米基因组中分布着大量的SSR标记重复序列,是一种理想的SSR分子标记研究系统,正是因为SSR标记的共显性、重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在玉米基因定位、遗传作图、品种鉴定和分子标记辅助育种等方面都得到了广泛的应用。本研究采用MISA软件扫描17份玉米全基因组序列,获得玉米全基因组中的SSR位点,分析了玉米基因组SSR位点的组成及分布,构建了SSR标记数据库,并从中随机选取了一部分多态性SSR标记进行实验验证,本研究的主要研究结果如下：1.通过MISA扫描16份玉米自交系和1份野生近缘种全基因组序列,共获得264,658个SSRs,平均每个基因组有135,693个,标记密度达到了每隔15.48Kb就有一个SSR,单核苷酸重复中(C/G)n类型的含量最丰富,二核苷酸重复中(AT)n含量最丰富,三核苷酸重复中(CAG/CTG)n最丰富,而四核苷酸重复中(AAAT/ATTT) n最丰富。2.通过比较三个有代表性的重测序基因组中SSRs位点的分布规律,结果表明SSRs位点在基因间区域含量最丰富,而在UTR区域含量最低。3.对供试的17份材料鉴定出来的SSRs位点进行计算机模拟扩增,构建了一个包含111,887个多态性SSRs标记的数据库,在这些多态性标记中,单、二、三、四、五、六碱基重复所占比例分别是58.00%、26.09%、7.20%、3.00%、3.93%、1.78%,多态性信息含量(PIC)从0.05到0.83不等,平均PIC值为0.31。4.对计算机模拟扩增出的多态性SSRs标记进行实验验证,超过70%的引物对可以生成目标条带长度多态性,这些标记对于研究源于不同类型种质资源的玉米群体的多态性是非常有用的。