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目的：了解免疫人群中感染者携带乙型肝炎病毒的基因型别、变异分布情况。探究及时接种对免疫人群感染HBV的影响。研究免疫人群感染者携带病毒变异特点。探讨免疫失败与逃逸突变的可能原因,评价病毒变异对现行国家免疫规划疫苗及免疫策略的影响。为探寻逃逸突变株流行监测方法和体系,改进免疫策略,优化乙肝疫苗设计,提供参考和基础信息。方法：免疫失败人群血清标本168份,采集自河北、河南、青海、湖南、广西、上海六地区,免疫史明确且经Abbott公司化学发光免疫分析鉴定为HBsAg阳性血清。经QIAamp DNA Blood Kit提取血清总DNA,采用巢式PCR法扩增HBVS基因片段,直接测序及克隆测序。通过DNAStar软件对测序结果进行拼接,利用本地Blast软件及编写的结果分析程序对测序结果进行分析,确定病毒的基因型、血清型及变异位点数目。结合流行病学调查数据库基础信息,使用SAS9.0软件进行统计分析。结果：本研究共获得免疫后感染者病毒S基因DNA序列168条,包含B、C、D、I四种基因型和adr、adw、ayw三种血清型,基因型与血清型分布与地区有关,北方地区及东南地区以C基因型病毒为主,西南地区以B基因型为主。在168条序列中检出氨基酸变异位点234个,在关键位点aal26、aal27、aa129、 aa131、aa133、aa140、aa143、aa145均检出突变。其中“α”抗原决定簇区域病毒变异占全部的13%。准种分析中,1号样本感染的HBV为B2型,2号和3号为C5型；准种遗传进化分析发现1号同时存在两种优势病毒株,2号和3号只有一种优势病毒株；三者的信息熵水平无统计学差异；选择压力分析显示1号样本病毒种群的Ka<Ks, ω=0.58,受到纯化选择压力；2号发生AAF134S、AAS143P置换突变,3号发生AAT125A置换突变和ntG494A、ntC500A无义突变。结论：“α”抗原决定簇区域病毒变异并非造成免疫失败的重要因素,或可暂不调整目前免疫疫苗种类和策略。检测到的病毒关键位点突变可能会引起抗原性改变,需要通过体外免疫实验进一步验证,并加强针对新发感染的分子流行病学监测。S基因存在复杂的准种多样性,在准种中发现少量“α”抗原决定簇关键位点突变毒株,通过准种分析研究能真实地体现HBV生存状态,获得更加全面的病毒变异信息。