生物组学时代的候选基因与慢性病关联研究初探

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jwc4542
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第一部分HBV相关肝癌易感基因KIF1B与慢性乙型肝炎关联研究目的中国人群的GWAS结果提示KIF1B基因多态性与HBV所致肝细胞癌发生相关,但其是否与HBV所致慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B, CHB)的发生相关尚待研究。本研究采用病例对照研究方法探讨该基因多态性与CHB的发生是否相关。方法在中国北方汉族人群中选取473例CHB患者和935例HBV自限性感染者作为研究对象,在候选基因KIF1B内选择前期GWAS报道与HBV相关肝癌发生有关的单核苷酸多态性位点(rs17401966)和有潜在生物学功能的SNPs位点(rs8019和rs17401924),应用Taqman荧光探针基因分型技术,检测上述研究对象的基因多态性,从而研究该基因多态性与CHB的关系,并用非优效性检验(α=0.05)评价该基因多态性与CHB风险的关联。结果三个候选SNPs位点rs8019(AA/AC/CC)、rs17401966(AA/AG/GG)以及rs17401924(AA/AG/GG)的在CHB病例组中基因型的频率分别为37.4%/48.6%/14.0%,53.7%/40.2%/6.1%和52.6%/40.6%/6.8%,在HBV自限性感染组中基因型的频率分别为39.8%/45.6%/14.7%,52.8%/39.5%/7.7%和53.8%/38.4%/7.8%,并未观察到上述三个SNPs位点基因型频率分布在病例和对照间的差异有统计学显著性(P>0.05),校正年龄性别后结果相似。单体型分析显示,在CHB患者和HBV自限性感染者两组中,rs8019-rs17401966-rS17401924构成的三种常见单体型(AAA/CAA/CGG)的频率分别为59.7%/11.2%/24.0%和61.5%/10.3%/25.8%,并未观察到上述三种单体型频率分布在病例和对照间的差异有统计学显著性(P>0.05)。在本研究人群中,非优效性检验未发现KIF1B基因的三个SNPs位点等位基因(rs8019、rs17401966和rs17401924)与CHB的发生有显著性关联(P=0.001,P=0.015,P=0.002)。结论本研究未发现KIF1B基因候选SNPs位点与HBV暴露后CHB的发生有关。第二部分血清miRNAs及其和叶酸交互与胰腺癌风险关联研究目的探讨七种血清中miRNAs及其和血清叶酸的交互作用与我国人群胰腺癌发生之间的关联。方法采用以医院为基础的病例对照研究(胰腺癌新发病例74例,对照74人),结合相关文献报道选择七种候选miRNAs以及三种血清miRNAs定量检测候选内参。应用逆转录实时定量多聚酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction, RT-PCR)法检测七种候选miRNAs及内参含量,并使用NormFinder分析找出最优内参;采用放射免疫法测定血清叶酸水平。校正年龄、性别、吸烟及叶酸后,经定量和定性两种方式比较病例和对照组间上述miRNAs相对表达水平差异。在定性分析中,分别根据七种miRNAs在对照组中的表达水平以定义该miRNA表达量的正常范围临界值,并根据临界值将miRNAs表达量转化为二值变量。基于乘法、加法交互模型及多因子降维法(nultifactor dimensionality reduction, MDR)探讨上述血清miRNAs和叶酸交互作用与胰腺癌风险的关联。结果miR-191为胰腺癌血清miRNAs定量检测的最佳内参,稳定系数为0.165。以miR-191为内参,血清miR-16在胰腺癌病例与对照组中的相对表达量分别为3.95+1.98和3.26+1.83;miR-103在上述两组人群中的相对表达量分别为-1.92±0.97和-1.41+1.56,二者表达水平在组间的差异均有统计学意义(P=0.030,P=-0.018)。校正年龄、性别、吸烟和叶酸后,仅miR-103表达水平在组间的差异有统计学意义(P=0.010)。定性分析显示,在校正年龄、性别、吸烟及叶酸后,血清miR-103低表达者与miR-601低表达者发生胰腺癌的风险较正常组增加,OR值分别为2.33(95%CI:1.06-5.10)和2.37(95%CI:1.07-5.26)。在血清miRNAs与叶酸交互作用分析中,未观察到候选血清miRNAs与叶酸之间存在乘法交互作用;加法交互分析结果显示血清miR-15a低表达与低叶酸可能在胰腺癌的发生中存在协同作用,协同系数SI=3.86(95%CI:2.08-5.64);MDR分析显示1miR-16、低叶酸与吸烟之间存在非线性的交互作用(平均检验准确度=0.696,交叉验证一致性=10/10,置换检验P=0.013);miR-16、miR-601、低叶酸与吸烟之间存在非线性的交互作用(平均检验准确度=0.703,交叉验证一致性=10/10,置换检验P=0.044)。结论血清miR-103及miR-601的异常表达可能与胰腺癌风险相关,血清miR-15a与低叶酸,miR-16、低叶酸与吸烟之间,miR-16、miR-601、低叶酸与吸烟之间可能在胰腺癌的发生中存在交互作用。这种交互作用提示可通过为胰腺癌高危人群补充叶酸从而降低胰腺癌发生风险,但结果需要大样本研究进一步验证。
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