乡镇卫生院是我国农村三级医疗卫生服务体系的枢纽,主要为辖区居民提供基本医疗和基本公共卫生服务,同时也承担着一定的卫生行政管理职能。新型农村合作医疗(以下简称：新农合)是由政府组织、引导、支持,农民自愿参加,个人、集体和政府多方筹资,以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。新农合的实施必然对乡镇卫生院产生较大影响。从以往文献来看,新农合对乡镇卫生院效率的影响尚无系统可靠的研究结论。因此,有必要对新农合实施后乡镇卫生院效率变化情况进行全面、科学、系统的研究,为调整包括新农合在内的农村卫生政策提供依据。文中首先综述了全国以及潍坊市新农合实施概况；介绍了效率的基本概念、数据包络分析方法和目前国内外运用数据包络分析法对各级各类医疗机构效率进行研究的总体情况。随后描述了样本县基本情况、新农合制度实施和大病保障运行情况、乡镇卫生院基本情况和投入产出变化情况。根据研究目的,参考有关文献,构建了由3个投入指标和5个产出指标组成的效率评价指标体系,利用数据包络分析法,对调查的30家乡镇卫生院进行了规模报酬不变的总体效率分析和规模报酬类型变化分析。研究发现：新农合实施后,乡镇卫生院门急诊总量、住院总量等服务指标都呈现较快增长态势。但在新农合实施初期,乡镇卫生院综合效率提升不明显。随着新农合受益面不断扩大和受益程度不断提高,乡镇卫生院的综合效率也随之逐年提升。但2012年基本药物制度实施后,其综合效率有所有下降。最后,文章对产生上述现象的原因进行了深入分析,并提出了新农合制度下促进乡镇卫生院科学发展的政策建议。