基于生物信息学筛选分析胃癌进展与预后相关生物标志物

来源 :安徽医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhuliangmike
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目的:基因的异常表达是胃癌发生发展的主要原因之一,本研究希望利用Linked Omics在线数据库分析来源于TCGA的数据库的相关胃癌数据,同时使用GEO2R在线分析GEO数据库中胃癌组织芯片中的数据,以期筛选出于胃癌病理分期,转移及总生存期相关的基因。对二者结果整合分析后将候选基因在临床组织标本及细胞中验证。最终期望分析筛选出可以作为胃癌早期诊断及进展与预后相关的生物标志物。方法:首先利用Linked Omics数据库分析来源于TCGA的数据库的数据,选取与胃癌的病理分期、转移淋巴结数量和总生存期显著正相关基因。第二步使用GEO2R在线分析GEO数据集分析上述选取的基因在胃癌和相应癌旁组织中的表达情况。挑选在胃癌组织中的表达明显上调的基因。第三步在收集的组织样本中分别使用实时荧光定量PCR和Western Blotting从m RNA及蛋白质水平验证筛选基因的表达水平,并通过Kaplan-Meier生存分析,预测筛选的候选基因与胃癌患者的总体生存期和无进展生存期的相关性。最后使用CCK8实验在细胞水平验证筛选的基因。结果:通过分析TCGA数据库中胃癌的相关数据,选取了与胃癌的病理分期、转移淋巴结数量和总生存期显著正相关的14个基因。分析在GEO数据库下载的芯片编号分别为GSE118916和GSE54129中14个候选基因在胃癌组织和邻近的正常组织中的表达情况,结果发现MYO5A,TPP1,TGFBR2,PALM2-AKAP2和PLTP在胃癌组织中的表达均高于癌旁组织。实时荧光定量PCR和Western Blotting证实MYO5A、PLTP和TPP1在胃癌组织中的表达量明显高于邻近的正常组织。Kaplan-Meier生存分析表明MYO5A,PLTP和TPP1与胃癌患者的总体生存期和无进展生存期呈正相关。CCK8实验的结果发现MYO5A,PLTP在体外可以促进胃癌细胞增殖。结论:本研究中发现MYO5A,PLTP和TPP1在胃癌组织中的表达高于邻近的正常组织,MYO5A,PLTP和TPP1的高表达与胃癌的进展和预后呈正相关,细胞实验也说明MYO5A,PLTP可以促进胃癌细胞的增殖。本研究为MYO5A,PLTP和TPP1成为胃癌早期诊断及进展预后相关的生物标志物提供了理论依据。
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