农业产业化是我国农业市场化、现代化的重要途径之一。各种各样的经营组织是农业产业化经营的载体。我国农业产业化经营组织目前面临着严峻的形势和巨大的挑战，而且农业产业化经营组织存在着诸多的缺陷，因此，积极探索利完善行之有效的农业产业化经营组织形式，推进农业产业化向纵深方向发展是非常必要的。我国农业产业化经营的实践、国外农业产业化经营的经验为我国农业产业化经营组织的创新奠定了实践基础；交易费用理论、现代产业组织理论以及诺思关于制度变迁理论为我国农业产业化经营组织创新提供了理论依据；我国农业产业化经营组织的创新需要克服恶性“路径依赖”进入良性“路径依赖”。现在我国农业产业化经营上处于初级阶段也是组织发育的关键时期，从我国农业产业化经营组织存在的缺陷出发，参考国内外农业产业化的实践经验，依据上述理论，本文提出目前阶段我国农业产业化经营组织创新的根本目标是迅速构建全国统一、规范的综合性农业合作经济组织：当前创新的着力点包括创新农业产业组织体系、创新农村市场主体和农业产业化经营主体、创新农业资本运营方式、创新利益协调机制、大力培育龙头企业、创新经营战略和创新农产品市场体系；今后一段时期我国农业产业化经营组织创新的方向是大力发展电子商务型农业产业化经营组织以进一步畅通农产品流通、大力发展农产品期货经纪组织以平抑农业生产的市场风险、住农村大力发展股份合作经济组织以实现规模经营。