高等学校作为重要的创新主体之一,其科研创新水平直接影响国家科技发展能力。受地域、历史及学科发展等因素影响,高校之间存在科技创新能力差异。对高校科技创新能力进行科学评估,有利于帮助其提升科技创新能力。现有高校科技创新能力研究在评价及影响因素分析的方法上获得一定成果,但尚存在未考虑各高校的地理位置和学科专业特点的差异,以及评价指标不统一、权重确定偏主观性等问题,导致评估结果不够客观、全面;并且对创新能力影响因素分析中非线性关系的讨论较少。因此,探索更为科学合理的综合评价方法和影响因素分析方法有非常重要的意义。本文具体开展了以下研究工作:（1）构建云模型和门槛模型完成对高校科技创新能力的评价和影响因素分析;（2）采用2009-2016年教育部直属高校科技创新活动有关数据进行实证分析。（3）从创新环境、人力投入、财力投入、国际合作创新能力、产出能力和科技成果转化能力6个方面建立较全面的评价指标体系。（4）分学科类型和地区对高校科技创新能力进行综合评价和影响因素实证分析。研究特色如下:（1）在高校科技创新能力研究领域引入新的综合评价方法和影响因素分析方法。（2）运用聚类分析法对云模型的等级划分方法进行优化;运用随机森林分类模型得到各指标的重要性占比作为权重,对云模型的指标权重确定进行优化。这样既增强了模型的可操作性,又能提升了评估的科学性。研究结论为:（1）将高校按地区、学科类型进行分类解决了高校因地区、学科特点不同而导致的不可比问题;运用云模型建立的评价模型解决了评价中的模糊性及指标权重确定主观性的问题;门槛模型的建立弥补了现有研究中高校科技创新能力影响因素分析中非线性关系讨论不足的问题。（2）聚类法和云模型组合的评价方法在高校科技创新能力评价中具有可行性和明显优势。（3）门槛模型对带有门槛值的面板数据的拟合效果,优于普通面板数据回归模型的拟合效果。