天山鸢尾（Iris loczyi Kanitz）,隶属于鸢尾科（Iridaceae）鸢尾属（Iris L.）,主要分布在青藏高原、中亚等地区的草甸、草原、沙漠砾石地。天山鸢尾对高寒、高海拔地区的气候条件有较强的适应性,在冰川运动影响的恶劣气候环境下得以幸存,是研究青藏高原及毗邻地区遗传多样性和亲缘地理模式的好材料。进一步探究第四纪气候波动对青藏高原现今植物分布格局和种群进化历史的影响,为青藏高原的鸢尾属植物的生物多样性保护提供科学依据和参考。为揭示天山鸢尾的遗传多样性及其空间分布格局,本文对天山鸢尾15个居群共149个个体的cpDNA片段及SSR引物进行了分析。结果如下:基于5个cpDNA片段（trn S-trn G,trn S-trnf M,rpl20-5’-rps12,psa I-acc D,trn H-pbs A）共获得108个单核苷酸变异位点,检测出10个单倍型,其单倍型多样性（Hd=0.820）和核苷酸多样性（π=0.00981）水平较高。1.在物种水平上,天山鸢尾的遗传分化指数Fst>0.25（0.951）,表明居群间的遗传分化较为显著。2.基于单倍型网络图分析结果可知,祁连山区居群分布有7个特有单倍型,藏南谷地有3个特有单倍型,祁连山区为天山鸢尾的遗传多样性中心。3.基于cpDNA片段构建的NJ树和贝叶斯树分析结果可知,天山鸢尾聚为3个分支,其中祁连山区的居群XS单独聚为一支,祁连山区的其他居群聚为一支;藏南谷地4个居群聚为一支。4.基于Samova分析结果可知,天山鸢尾全部居群聚为4个组,与系统树结果比较可知,藏南谷地居群JC单独聚为一组。5.基于AMOVA分析结果可知,天山鸢尾的遗传变异主要来自组间（91.14%）和居群间（92.11%）。6.基于中性检验和失配分布分析结果可知,天山鸢尾在历史上未发生过大规模的扩张事件。基于7个SSR标记共检测出163个等位基因,平均每个位点包含等位基因23.29个,居群平均期望杂合度（He=0.699）,平均观测杂合度（Ho=0.689）,平均自交系数Fis>0（0.014）,表明天山鸢尾有较高的遗传多样性。1.居群间的平均遗传分化指数Fst=0.250,表明各居群间的遗传分化水平为中等。2.基于Structure聚类分析结果可知,天山鸢尾聚为3个聚类,其中祁连山区的居群XS单独聚为一类,祁连山区其他居群聚为一类,藏南谷地的居群聚为一类。3.基于AMOVA分析结果可知,天山鸢尾的遗传变异主要来自居群内（80.82%和74.96%）。4.UPGMA树分析结果与基于cpDNA构建的系统发育关系一致。综合所有分析结果,本文认为天山鸢尾在末次盛冰期时可能存在多个避难所,祁连山区东部的日月山、青海南山与鄂拉山环绕的茶卡盆地可能是天山鸢尾的一个冰期避难所;此外,藏南谷地东部可能是天山鸢尾的另一个冰期避难所,符合北方避难所模型。本文研究了天山鸢尾的遗传多样性和遗传结构,确定冰期避难所的位置。并且,本研究为探究青藏高原及毗邻地区物种的亲缘地理学提供理论依据,同时,为探究鸢尾属的进化历史和种质资源保护提供了理论依据。