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我国是白菜类作物的主要起源地。大白菜不仅是一种重要的经济作物,也是研究多倍体化和构建分子遗传连锁图谱的模式植物。多国的大白菜基因组测序计划(BrGSP)在2003年启动。近年来,关于白菜基因组测序工作陆续完成,但是基因的覆盖程度并不完全,染色体中只标记了大约73.6%的锚定标记。因此,建立一个新的分子遗传图谱有着重要的研究意义。遗传图谱的构建为重要农艺性状的基因定位(QTL)、标记辅助育种(MAS)、功能基因克隆和比较基因组学奠定基础。本研究是利用基于序列的InDel标记和SSR标记对大白菜遗传图谱进行合理优化与整合,提高图谱的“饱和度”,明确特定的标记在连锁群的位置分布。本研究是以在种皮颜色、叶面茸毛、花色、抽薹性、抗病性等方面存在明显差异的Y177-12和Y195-93为双亲,在其杂交后得到的F1代进行小孢子培养所得183个DH株系为试材。为了实验的顺利进行,利用DH双亲Y177-12和Y195-93对PCR反应体系进行单因素试验,对模板DNA用量、退火温度、dNTPs浓度等7个因素进行优化。结果表明,从稳定性和经济性出发,最终确定了大白菜PCR扩增的最佳反应体系(20μL)：模板DNA用量105ng、Taq DNA聚合酶0.4U、Mg2+浓度为1.5mmol/L、 dNTPs浓度0.1mmol/L、引物浓度0.4μmol/L、三温循环时间30s-30s-45s、退火温度50℃。该体系适用于遗传多样性分析及遗传图谱的构建。利用401对InDel引物和56对SSR引物对DH群体的双亲Y177-12和Y195-93进行多态性筛选,获得有多态性的InDel引物44对、SSR引物11对。运用JoinMap4.0软件,将筛选出的有多态的55对标记整合于本实验室原有的基于SRAP、SSR和AFLP等多种标记构建的大白菜分子遗传图谱,重新构建分子遗传图谱。构建出的遗传图谱总共有512个分子标记,其中包括139个SRAP标记、84个SSR标记、44个InDel标记、230个AFLP标记、6个STS标记、4个ESTP标记、3个形态标记、1个SCAR标记和1个CAPS标记。该图谱含有10个连锁群,被命名为A01-A10,总长度为1336cM,标记间平均图距是2.60cM,每个连锁群的标记数在27～76个之间,长度在106～176cM之间,平均图距在2.08～4.41cM之间,偏分离标记比率为71.3%。新增标记在各连锁群上的分布位置与参考图中相应标记的位置基本一致,表明该图谱的可靠性高。同一些现有的图谱相比较,该图谱的总长度、标记间平均距离及标记数量等指标均可与国际上公认的参考图相关联。该图谱的构建对大白菜遗传信息的整合和资源的提供有着重要的意义。