本文利用数据包络分析（DEA）中的投入导向型CCR和BCC模式建立了我国农业碳效率的分析模型，并用2000-2010年我国31个省级区域的样本数据，测算出了我国各省市的农业碳效率，包括技术效率、纯技术效率和规模效率。结果表明：农业碳效率较高的省份主要分布在地广人稀的经济欠发达地区，而农业自然条件较好、经济较发达的地区农业碳效率反而较低。通过系统聚类分析发现，我国农业碳效率在空间上呈现“西高东低”的特征，因此本文按照我国传统三大地区的划分标准对东、中、西部的农业碳效率（技术效率、纯技术效率和规模效率）进行了比较分析。由于DEA分析得出的效率值为切割值，本文采用Tobit回归模型从技术进步、产业结构、生产规模、劳动力素质、政府投入、经济发展水平六个方面选取了七个指标分析其对三大地区农业碳效率的影响效果及差异。研究发现，对农业碳效率地区差异影响较大的因素有农业技术人员比例、种植业比重、人均耕地面积和高中以上文化的劳动力比例。最后结合分析给出了相应的政策性建议，包括：开展有效宣传，树立农民低碳意识；优化产业结构，转变经济增长方式；加速土地流转，扩大农业生产规模；强化科技创新，提高技术支撑能力。