随着近代企业的发展,人们逐渐意识到单纯的财务审计已经不能满足企业各方利益主体的需要。绩效审计理论就是为企业利益相关者提供企业经济活动的效率性、效果性和经济性等方面的信息。科学的企业绩效审计依赖于合理的绩效审计评价,而绩效审计评价合理与否关键在于绩效审计评价指标体系是否科学合理。因此,企业绩效审计评价指标体系研究已成为学术界研究的热点和难点。各个学者从多方理论,譬如企业能力理论、平衡积分卡理论等着手,企图构建可行性强、准确度高的绩效审计评价体系。本文在对现有研究综述分析之后,发现从核心能力理论的角度来构建和设计企业绩效审计评价指标体系适用性较强且具有一定的优势。在对核心能力评价指标体系研究、借鉴的基础之上,本文构建了包含市场关键绩效审计评价指标、管理关键绩效审计评价指标、技术关键绩效审计评价指标3大类24个子指标的绩效审计指标体系,并基于重庆S公司进行了实例运用和分析。研究表明,将核心能力理论引入企业绩效审计评价中来,不但有利于拓展核心能力理论的运用范围,而且有效弥补了目前企业绩效审计评价的短期化和静态化的局限性。同时,通过对S公司的绩效审计评价,展示和体现出了基于核心能力理论的企业绩效审计评价体系具有较好的适用性。