长期以来，我国银行间债券市场和交易所债券市场（以下分别简称“银行间市场”和“交易所市场”）存在着“同券不同价”的现象，此前的文献大都从两个市场固定的制度因素来解释两市债券的价格差异，但我们注意到跨市场交易的国债价格差异不仅长期存在，还具有时变特征，这就说明仅仅用固定的制度因素来解释债券价差还远远不够。本文通过对于跨市场交易的104只国债的分析，从流动性这样一个市场性因素的角度切入来阐释引起价格差异的具体机制。　　第一部分，我们构建了跨市场的104只国债2011全年12个月的面板数据，并通过回归分析发现，两市债券价格差异是因为银行间市场和交易所市场的流动性溢价不对称造成的，交易所市场由于长期的分割导致与银行间市场相比流动性水平偏低，从而投资者会要求交易所市场债券的投资回报更高，这就使得两个市场债券价格存在差异。　　第二部分，我们通过对于银行间市场、交易所市场和股票市场从2005年-2011年的流动性、收益率和波动性三者之间构建向量自回归(VAR)模型，发现股票市场的波动性会非对称地溢出到银行间市场和交易所市场——当股票市场波动性上升时，两个债券市场流动性差异下降。正是这种股市波动性对于两个债券市场的非对称溢出效应，再经过两个市场非对称的流动性补偿，最终使得银行间市场和交易所市场的债券价格差异呈现出随时间变化的特征。　　经过以上两步的细致梳理和分析，本文对于解释银行间市场和交易所市场债券价格差异形成了一条完整的逻辑链条。在本文最后，我们对于如何消除两个债券市场的制度分割，从而减少两个市场流动性差异和价格差异，提高金融市场效率提供了我们自己的一些分析和建议。