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选育具有良好适应性的基因型是获得超高产的基本条件,为提高品种对整个生态环境的适应性,应加强基因型与环境互作的研究。本文利用同一杂交组合在两地衍生的重组自交系群体为材料,采用分子标记与表型相结合的方法,进行了大豆对胞囊线虫抗性和主要农艺性状的自然选择效应的分析。研究结果如下：1以抗胞囊线虫大豆品种Peking为母本,感病品种7605为父本及其异地衍生的两个重组自交系群体NJ （RN） P7（南京）和JN （RN）P7（济南）为材料,利用在亲本间表现多态性的56个SSR标记及1个形态学标记BSC（黑色种皮标记）对两个群体进行了研究,初步构建了两张大豆遗传连锁图谱,图谱总长度分别为528.90 cM和521.90 cM,标记间平均距离分别为14.29 cM和15.82 cM,连锁群长度变动范围分别是13.4～118.7 cM和15.6～147.2 cM,且与公共图谱中A1、A2、B1、C1、D1a、F、G、H、N、O连锁群具有良好的对应关系。进一步的比较分析表明：在自然选择的作用下,异地衍生的两个重组自交系群体基因组的结构基础发生了一定程度的改变。2利用在抗感池中表现差异的SSR引物比较异地衍生两个群体抗病性的遗传与变异。结果表明：在两个群体间表现差异的引物共15对；在两个群体中筛选到与1、2、3和5号生理小种抗性相关的分子标记及与主效抗病基因位点rhg1相关的两个标记（Satt163, Satt309）。以根部雌虫指数（FI）为抗性指标,采用复合区间作图法检测大豆抗胞囊线虫QTL位点。结果表明：在群体NJ （RN） P7中共检测到3个与抗性相关的QTL位点,分别位于A2连锁群的AW132402-Satt589标记区间和G连锁群的Sat210-Satt163和Satt163-Sat141标记区间,贡献率分别为5.14%、9.94%和14.13%；在群体JN（RN）P7中检测到2个与抗性相关的QTL位点,分别位于A2连锁群的AW132402-Satt632标记区间和G连锁群的Sat210-Sattl63标记区间,贡献率分别是7.49%和9.7%。两个群体均定位到与标记Satt163共分离的QTL位点,其余QTL位点在两个群体中有所不同,由此可见,在自然选择导致异地衍生的两个RIL群体抗病性遗传基础发生一定程度的改变。3在调查两个群体主要农艺性状的基础上,采用复合区间作图法检测与大豆主要农艺性状相关的QTL位点。在济南种植后定位的结果表明：群体NJ （RN） P7中检测到与主茎节数、株高、分枝数、生育期4个农艺性状连锁的QTL位点17个；群体JN （RN） P7中检测到与主茎节数、株高、分枝数、单株粒数、百粒重、生育期6个农艺性状连锁的QTL位点9个。在南京种植后定位的结果表明：群体NJ （RN） P7中定位到16个与主茎节数、株高、分枝数、生育期、单株粒数、百粒重、单株荚数相关的QTL位点；群体JN （RN） P7中定位到6个与分枝数、生育期、单株粒数、单株荚数相关的QTL位点。由此可见,两个群体主要农艺性状QTL定位的结果有差异。4利用57个标记对两个群体NJ （RN） P7和JN （RN） P7基因型分布频率进行比较分析,研究在自然选择条件下遗传结构的差异。结果表明：12个SSR标记及1个形态学标记BSC（黑色种皮标记）在两个群体间基因型分布频率存在显著差异,其中标记Satt547与胞囊线虫抗性相关,标记BSC与A2连锁群上的胞囊线虫抗性座位（Rhg4）存在连锁关系,标记Satt545与主茎节数相关,标记Satt632与单株荚数相关。初步推断,在自然选择条件下,两个群体遗传结构发生了变化。