[目的]调查云南金沙江流域蚊虫种类组成、蚊虫携带重要虫媒病毒种类及其带毒率,为当地制定有效的重要虫媒传染病防控措施提供依据。[方法]调查点选择,2021年在云南金沙江流域中段永仁县选取两个有代表性的乡镇（莲池乡和永定镇）,再分别选择1个村庄作为调查点,并采用GPS仪获取调查点经纬度及其海拔数据;蚊虫采集方法,上述调查点各选择3户居民,每户在居民庭院和畜圈内采用诱蚊灯连续3晚通宵采集蚊虫（晚上20:00至次日晨07:00）,将所获蚊虫标本形态学鉴定、分类、计数和登记,并使用液氮罐带回实验室保存备用;病毒分离法,将蚊虫标本研磨、并接种C6/36细胞分离病毒,所有蚊虫样品均采用盲传3代,观察记录细胞生长状态;分子生物学检测法,将具有明显病变样本进行核酸提取、反转录、RT-PCR扩增、凝胶电泳、测序分析,鉴定出虫媒病毒种类。[结果]共采集4属13种8865只成蚊,其中,与重要虫媒传染病相关的媒介种类为三带喙库蚊（78.76%,6982/8865）、中华按蚊（1.38%,122/8865）、微小按蚊（0.49%,43/8865）和白纹伊蚊（0.02%,2/8865）等;三带喙库蚊、骚扰阿蚊（6.91%,613/8865）和库态按蚊（427/8865,4.82%）属当地优势蚊虫种类。上述成蚊共收样191份,经细胞接种后出现病变（CPE）47份,其中24份为三带喙库蚊、10份为骚扰阿蚊、1份为中华按蚊、3份为库态按蚊、5份为棕头库蚊、2份为刺扰伊蚊、1份为微小按蚊、1份为多斑按蚊。经对上述47份病变样本进行PCR扩增检测和基因测序后,共检出5科5属5种20株病毒,其中2株乙型脑炎病毒、4株盖塔病毒、1株云南环状病毒、2株勐海弹状病毒和11株南定病毒;蚊虫媒介携带蚊媒病毒批阳性率为10.47%（20/191）,其中乙型脑炎病毒批阳性率为1.05%（2/191）,盖塔病毒批阳性率为2.09%（4/191）、云南环状病毒批阳性率为0.52%（1/191）、勐海弹状病毒批阳性率为1.05%（2/191）和南定病毒阳性率为5.76%（11/191）。核苷酸序列同源性和进化树分析结果显示,2株乙型脑炎病毒（E基因）之间核苷酸序列同源性为98.2%,均为乙型脑炎病毒基因Ⅰ型,其中1株与2016年广州致倦库蚊中获得的毒株GZDJ1608（MF979778）在同一分支,且高度同源（98.6%）,另1株与2014年在浙江致倦库蚊中获得的毒株ZJ1410（KM576777）在同一分支,且高度同源（98.9%）;4株盖塔病毒（衣壳蛋白基因）之间核苷酸相似性为100%,与2018年在四川猪血清中获得的毒株SC201807（MK693225）在同一支,且高度同源（99.9%）;11株南定病毒（RdRp基因）之间核苷酸序列同源性为99.4%-100%,其中6株与2009年在中国蚊虫中获得的毒株KF771866（NDiV-NJ8-09）分布在同一分支,且高度同源（99.6%）,5株与2018年在四川蚊虫中获得的毒株LC609729（SC1502）分布在同一支,且高度同源（100%）;1株云南环状病毒与1981年在印度尼西亚蚊虫中获得的毒株MF152996（JKT-10087）处在同一支,同源性96.0%;2株勐海弹状病毒之间核苷酸同源性为100%,与2010年在中国蚊虫体内获得的分离株NC040602（Menghai）同源性95.7%,但与以往7株勐海弹珠病毒株（GD18004、Menghai、GD18005、GD18010、GD18003、GD18008、kunoichi）均不分布在同一亚支上。[结论]金沙江流域云南中段蚊虫种类相对较少,仅为5属13种,其中三带喙库蚊、骚扰阿蚊和库态按蚊属于当地优势蚊种,但携带的虫媒病毒种类较丰富（5种虫媒病毒）,且批阳性率高（10.47%,20/191）,建议当地相关部门加强蚊媒病毒性传染病监测工作。