通过经济刺激的手段对环境问题进行管理是目前世界上通行的方法。当前我国采用的环境保护经济手段主要有两种：排污收费制度与排污权交易制度。排污收费制度是“命令——控制”方式的主要体现，以政府的主动管理和排污者的被动缴费为主要特点，排污者之间的信息共享与交流却非常有限；排污权交易制度则以科斯定理为基础，在初始产权配置的不均衡状态下，构建排污权交易的市场平台，该制度一方面限制企业排污，同时也允许其买卖排污许可证，排污权交易制度促成了排污者之间的沟通与互动，因而更具有效率。然而我国排污权交易制度正在建立的初期阶段，相关的运行机制及配套的保障制度并不完善。排污权交易制度与排污收费制度同为环境管理的经济手段，其共同的经济学理论基础是环境经济学对环境问题所做的环境外部不经济性分析，且二者均从不同渠道和角度推进了污染物排放总量控制的实施。但排污权交易制度与排污收费制度的内在运行机制、可适用的污染范围、主要依靠的调节手段等因素方面却存在着大致互补的差异性。基于排污权交易制度与排污收费制度在理论上的共通点和差异性，以及实践中两种制度在衔接上所出现的问题，建立排污权交易制度与排污收费制度的互动协调机制是十分必要的，同时，该机制的建立在目前的条件下也是可行的。这种互动机制以实现经济与环境和谐为主旨，以总量控制为前提，以建立排污权交易制度与排污收费制度的统一平台为关键环节，从而实现环境保护中市场机制与政府管制的结合、灵活性与权威性的结合、主动与被动的结合。可以考虑在实践中重点深化排污收费制度、逐步推广排污权交易制度，使二者协调互补，突出排污权交易的市场作用，发挥排污收费的保障功能，增强企业节能减排的动力，更加高效地控制区域污染物的总量排放，实现国家可持续发展的环境保护目标。