近红外反射光谱(NIRS)分析具有无损、速度快、分析费用低等多种优点，非常适合作物育种品质性状的大批量筛选，目前已经成为育种工作中非常重要选择的手段。国家油料改良中心湖南分中心所购进的FOSS NIRSystem 5000型近红外分析仪应用于菜籽品质分析已有5年，一直使用原有模型，且模型一直没有得到维护或者建立新的模型。其所得数据可靠性已很难确定。本研究搜集并选出不同来源的甘蓝型油菜籽共670份，用国家标准方法以及ISO标准方法分析了其中557份样品的脂肪酸组成、255份菜籽的含油量和90份菜籽的硫苷含量，建立了一个新的油菜籽脂肪酸组成、含油量和硫苷含量的近红外分析模型。在脂肪酸组成分析模型方面，油酸与芥酸定标决定系数(RSQ)与交叉验证决定系数(1-VR)都达到0.98(越接近1越理想)。可以使90％的油酸和芥酸预测样品预测绝对误差限控制在4.25和5.83个百分点以内，较仪器内旧有模型16.90和17.61有很大提高。针对低芥酸样品所建立的低芥酸模型可以准确分辨4％以下芥酸含量，且平均绝对误差小于0.5。含油量模型RSQ和1-VR达到0.97和0.96，可以保证90％样品预测绝对误差限和相对误差限在控制在1.26个百分点和3.18％以内。硫苷模型方面，RSQ和1-VR达到0.99和0.97，90％样品预测绝对误差限和相对误差限控制在7.62百分点和21.78％以内。本研究在建模过程中，还得出了以下主要研究结论：(1)分段对油酸和芥酸进行建模，可以明显提高两级区域浓度范围内浓度预测效果，但对中间区域无效；在低芥酸分段建模时，应将最高含量控制在10％左右，并减少极低芥酸样品数量，否则所有样品都可能会被预测为极低浓度，达不到分辨低芥酸的目的。(2)含油量模型对超范围样品拓展预测能力很强，预测校正范围以上3个百分点的样品平均误差可控制在1.1个百分点以内。油酸模型预测校正范围以上5个百分点的样品，平均误差可控制在2.5个百分点以内；预测低于校正范围内的样品较差，但可分辨含量走向。而芥酸模型，几乎不具备拓展预测能力。