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限期治理制度是我国一项重要的环境保护制度，它产生于环境保护实践，并在环境保护立法和实践中不断完善和发展。限期治理制度对于推动排污单位集中有限资金解决突出环境问题，减轻或者消除环境污染起到了积极作用。然而，由于限期治理制度顶层设计存在缺陷，在实践中，该制度常常被异化为排污单位超标排放的“护身符”，制约了其应有作用的发挥。因此，有必要对限期治理制度进行修改和完善。本文从环保工作实践出发，首先明确了限期治理的法律属性，从而使其在法律适用上得到明确。然后结合立法的发展进程对限期治理制度存在的问题进行剖析。在此基础上，结合我国现行环境立法以及《环境保护法修正案（草案）》，从明确适用条件，统一决定主体，规范决定程序和强化法律责任等方面提出了进一步完善限期治理制度的建议。