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本研究对四川省六个不同地区的13种道地中药材的内生放线菌进行分离、鉴定,结果表明分离到的210株内生放线菌分为两个属:链霉菌属和小单孢菌属,其中链霉菌为优势菌属(Streptomyces sp.)。对植物内生放线菌分离技术进行了系统的研究。确定了一个较为有效的表面消毒剂和表面消毒时间。对不同的分离培养基的分离效果进行了比较,表明HV培养基、改良高氏2号长势较好,分离的内生放线菌数目和种类最多;海藻糖-脯氨酸培养基分离的放线菌最少,但菌株形态较独特。本研究中,根中分离到的内生放线菌最多,占到了68.6%,茎中分离的占25.2%,叶中分离到的最少,仅为6.2%。对实验中分离到的41株有代表性内生放线菌,采用16S rDNA PCR-RFLP,16SrDNA全序列分析、16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP、BOX-PC技术,首次系统地研究了四川不同地域条件下的道地中药材内生放线菌的遗传多样性,以及系统发育关系。从酶切图谱来看,可以分为29种遗传图谱类型。在71%水平上分为两大类群,分别相对于链霉菌属和小单孢菌属,在83%相似水平上,分为4个群,但各群内部菌株之间的相似性与分离地、宿主植物的相关性不明显。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP、BOX-PCR技术均能有效地区分内生放线菌,而且都表现了明显的种内多样性,并可据此将他们细分成不同的亚群。16S-23S rDNAIGS PCR-RFLP有40种遗传图谱类型,在80%相似性水平上,有11个群。就分辨力水平高低而言,BOX-PCR的分辨力较高。在83%相似水平上分为20个群,显示了丰富的多样性。IGS PCR-RFLP揭示菌株与宿主植物的相关性,而BOX-PCR则表明菌株与地理来源的关系更为密切。几种分类方法在一定程度上也表现出不一致性,这表明在分类研究中多种方法结合使用的必要性。