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长江流域鱼类资源丰富，是我国鱼类多样性与渔业资源保护的重要地区。但是，拦河筑坝、江湖阻隔等人类活动对长江流域鱼类资源造成了严重的威胁。本研究通过开展长江流域鱼类群落生态学研究，为鱼类资源的保护和管理提供科学依据。研究内容包括分析大尺度的鱼类物种—面积关系，确定长江流域保护优先区;以鄱阳湖为代表，分析通江湖泊鱼类群落结构及季节动态;1997～2010年在长江上游进行鱼类资源监测，系统地开展三峡水库鱼类群落生态学研究，评价三峡水利工程对鱼类资源的影响。研究的主要结果如下:
1.以中国东部44条河流流域面积和其淡水鱼类物种数为基础，建立8个备选模型(power、exponential、negativeexponential、Monod、rational、logistic、Lomolino、cumulativeWeibull)，分析物种—面积关系(SAR)。利用赤池信息准则(AIC)的修正模式选择最佳模型，利用赤池权重(wi)对各模型的可行性进行量化，并基于wi计算平均模型。研究结果显示，没有一个物种—面积关系的模型具有普适性，模型的选择具有不确定性，多模型SAR的效果更好。同时，基于多模型SAR的拟合结果显示，赤水河、青衣江、大宁河、沱江、长江上游干流是保护优先区，应该加强保护。
2.2010年4～11月对鄱阳湖沿岸带和敞水区鱼类群落季节动态进行调查。结果表明，共调查到鱼类72种，隶属于7目14科46属。江湖洄游型鱼类占总物种数的25.00％，河流型鱼类占总物种数的19.44％，湖泊定居型鱼类占总物种数的55.56％。沿岸带共采集到鱼类49种，鲫(Carassiusauratus)、鲤(Cyprinuscarpio)、鲇(Silurusasotus)、黄颡鱼(Pelteobagrusfulvidraco)等10个种类占优势;敞水区共采集到鱼类68种，刀鲚(Coiliaectenes)、鲫(Carassiusauratus)、贝氏(餐)(Hemiculterbleekeri)、似鳊(Pseudobramasimoni)等10个种类在数量上占优势。沿岸带鱼类密度和生物量的空间分布存在显著差异，而敞水区物种数和生物量在月份间存在显著差异。鱼类群落组成与环境因子的CCA分析结果显示，水温、支流有无、离长江距离和透明度是显著影响鄱阳湖沿岸带鱼类群落的环境因子，而离长江距离和透明度是显著影响敞水区鱼类群落的环境因子。
3.根据1997～2010年长江上游的鱼类资源数据，分析了三峡蓄水对长江上游鱼类群落时空动态格局的影响。结果表明，调查到的鱼类隶属于26科154种，其中鲤科鱼类为优势类群。基于鱼类的分布数据，利用聚类方法和多维度量方法分析了鱼类群落结构格局，鱼类群落共划分为四个聚群(Ⅰ，Ⅱ，Ⅲ，Ⅳ)，四个聚群的指示物种数分别为31，15，34，17种。距离大坝越近，鱼类群落受到的影响越严重。宜宾江段位于三峡水库上游，调查的所有年份为聚群Ⅱ，亲流型鱼类、特有鱼类和水生昆虫食性鱼类所占比例较高，三峡水库蓄水前后鱼类群落没有明显变化，表明宜宾江段保持自然流水状态。合江江段和库尾的木洞江段鱼类群落结构相近，受到中等程度的影响，三峡蓄水后亲流型鱼类和特有鱼类比例明显减少。万州和秭归江段在三峡蓄水后的年份聚合为聚群Ⅰ。与其他聚群相比，聚群Ⅰ的外来种鱼类和浮游动物食性鱼类比例最高，且亲流型鱼类被广适型鱼类和湖沼型鱼类取代。
4.2007年6月～2008年10月逐月在三峡库区木洞和万州江段进行鱼类资源调查，分析三峡库区鱼类群落特征的季节变化。结果表明，木洞江段采获的鱼类隶属于7科38种，万州江段采获的鱼类隶属于15科58种。两个江段鱼类种类组成差异显著，木洞江段以流水性鱼类为主，如圆口铜鱼(Coreiusguichenoti)、宜昌鳅鮀(Gobiobotiafilifer)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrusvachelli)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrusnitidus)、铜鱼(C.Heterodon)和蛇鮈(Saurogobiodabryi)为木洞江段的优势种，长江上游特有鱼类占有较大比例;万州江段以静水或缓流鱼类为主，优势种为贝氏(餐)(Hemiculterbleekeri)、鲤(Cyprinuscarpio)、鲫(Carassiusauratus)、(餐)(Hemiculterleucisculus)和鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)，长江上游特有鱼类仅占很小的比例，外来种较多。两个江段的生物多样性指数随水位波动表现出明显的季节变化，Margalef丰富度指数(D)与Shannon-Wiener多样性指数(H＇)在低水位季节较高，高水位季节较低，而Pielou均匀度指数(J＇)相对较稳定。聚类分析和多维度量分析表明三峡库区鱼类群落结构季节性变化显著，鱼类群落季节的稳定性分析发现三峡库区鱼类群落处于高度波动状态。
5.根据1997～2002年和2006～2009年三峡水库库尾木洞江段的鱼类资源数据，分析库尾木洞江段鱼类群落的年际变化及稳定性。结果表明，调查到的鱼类隶属于9科77种，其中，鲤科鱼类为优势类群。聚类分析和多维度量分析表明，鱼类群落被聚合为两大类群:蓄水前和蓄水后类群。圆口铜鱼(Coreiusguichenoti)、长鳍吻鮈(Coreiusguichenoti)和铜鱼(Coreiusguichenoti)等鱼类的丰度变化对类群分化的贡献较大。库尾木洞江段的鱼类群落结构保持相对稳定。十种核心物种每年都出现，而且未发现明显的替代种类。此外，中度的持续性指数表明了鱼类群落的持久性，排序分析和时滞分析表明鱼类群落没有明显的方向性变化。因此，三峡库尾木洞江段鱼类群落保持稳定。