应用蛋白质组学技术筛选神经母细胞瘤自行消退相关蛋白

来源 :中国人民解放军军医进修学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:shtour
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背景:恶性肿瘤的自行消退是一个非常少见、但有重要科学意义的事件,研究其机制对了解肿瘤的发生、发展新的肿瘤治疗策略具有重要意义。神经母细胞瘤是发生自行消退较多的肿瘤之一,国内外对其机制的研究局限于基因组水平,缺乏蛋白水平的研究。蛋白质是生命活动的直接体现者,由mRNA水平变化并不能推测到蛋白质的变化,因此应用蛋白质组学技术筛选神经母细胞瘤自行消退相关蛋白有可能得到重要信息。近年来,蛋白质组学结合生物信息学(bioinformatics)技术手段已经广为应用。而相对于普通的硝酸银染色,考马斯亮蓝染色等方法,双向荧光差异凝胶电泳(two dimensional fluorescent difference gel electrophoresis,2D-DIGE)则更加具有其优越性。2D-DIGE在实验中从所有样品选取等量蛋白混合而成作为基准(称为内标),分析所研究样本间蛋白表达的差异,可信度高。研究目的:本研究应用2D-DIGE,在蛋白质组学水平筛选与神经母细胞瘤自行消退相关的差异蛋白,并对有统计学意义的差异性蛋白质点进行质谱分析,并用Western blot对差异表达的蛋白进行验证。研究方法:本研究选取了3例Ⅳs期神经母细胞瘤患儿和3例1岁以下Ⅳ期神经母细胞瘤新诊断的患儿,原发部位均为肾上腺,在签署知情同意书情况下,手术时留取肿瘤组织及癌旁正常肾上腺组织;提取组织全蛋白后对样品进行2D-DIGE电泳;2D胶分别经三通道扫描后,对得到的图像进行DeCyder 5.0软件分析,选取依照Ⅳs期肿瘤组-Ⅳ期肿瘤组-癌旁正常对照组或有下调趋势,或有上调趋势的差异表达点进行PMF-MALDI-TOF/TOF质谱鉴定工作,鉴定的标准包括分子量、等电点、质谱检测肽段在整个蛋白质中的覆盖率、匹配度分值,蛋白得分大于62被认为有统计学意义(p<0.05)。鉴定数据经MASCOT检索,明确蛋白名称。在此基础上,选取明显上调蛋白运用Western印迹方法进行表达验证。结果:检测胶共得到973个差异点;利用制备胶分离差异蛋白质点,经MALDI-TOF-TOF分析,27个点得到鉴定,对应于17种基因表达产物。其中神经母细胞瘤Ⅳs期肿瘤比正常组织上调的蛋白有4种,下调的蛋白有4种;神经母细胞瘤Ⅳ期肿瘤比正常组织上调的蛋白有4种,下调的蛋白有7种;神经母细胞瘤Ⅳs期肿瘤比神经母细胞瘤Ⅳ期肿瘤上调的蛋白有8种,下调的蛋白有2种。Western Blot验证结果表明Rho-GDI蛋白在Ⅳs期肿瘤组织标本中有高于Ⅳ期肿瘤组织表达的趋势。结论:神经母细胞瘤Ⅳs期与Ⅳ期瘤组织存在10种差异蛋白表达,与癌旁正常组织亦存在8种差异蛋白表达;Rho GDI在神经母细胞瘤组织比癌旁正常组织低表达,而Ⅳs期肿瘤组织比Ⅳ期肿瘤组织高表达,提示Rho GDI与肿瘤预后良好有关。
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