目的:采用稳定同位素二甲基标记技术研究正常肝细胞系Chang Liver和肝癌细胞系HepG2的定量蛋白表组学,筛选肝癌的发生、耐药、转移和切除后复发等病理过程中可能发生作用的差异蛋白,为采用稳定同位素二甲基标记细胞蛋白的肿瘤定量蛋白质组学研究提供方法学基础方法:采用稳定同位素二甲基标记技术,使用CH₂O和CD₂O分别标记正常肝细胞系Chang Liver和肝癌细胞系HepG2蛋白酶解肽段,并且以阳离子交换色谱-反相色谱（SCX-RPLC）为分离模式的新型二维微柱液相色谱分离,最后进入LTQ OrbiTrap质谱检测。结果:一共鉴定得到3052个肽段,相对定量1006个蛋白,其中定量至少由两个肽段鉴定得到的蛋白有519（51.6%）个,定量至少由三个肽段鉴定得到的蛋白有326（32.4%）个,定量至少由4个肽段鉴定得到的蛋白有217（21.6%）个。在至少由三个肽段鉴定得到的326个蛋白中上调蛋白有159（48.8%）个（D/H>1.5）,下调蛋白有77（23.6%）个（D/H<0.67）。这159个上调蛋白和77个下调蛋白经过Gene Ontology（GO）检索比对,筛选出122个上调蛋白和66个下调蛋白,一共鉴定得到了188个差异蛋白。结论:1.采用稳定同位素二甲基标记技术,使用CH₂O和CD₂O分别标记正常肝细胞系Chang Liver和肝癌细胞系HepG2蛋白酶解肽段,并且以阳离子交换色谱-反相色谱（SCX-RPLC）为分离模式的新型二维微柱液相色谱分离,最后进入LTQ OrbiTrap质谱检测,一共鉴定得到188个差异蛋白,这些差异蛋白可能在肝癌的发生、耐药、转移和切除后复发等病理过程中发挥重要作用,为肝癌的深入研究提供了大量的生物学资料。2.稳定同位素二甲基标记技术是定量蛋白质组学研究中高效、直接及快速的化学性引入的标记方法,本实验为采用稳定同位素二甲基标记细胞蛋白的肿瘤定量蛋白质组学研究提供了方法学基础。