我国现代大学制度建设起步较晚,自2012年教育部正式启动章程制定工作,至今我国大学的章程已基本核准完毕并进入实施阶段。形成以章程为统领的大学内部制度体系是我国大学制度建设的下一步工作重点,然而统领作用具体如何发挥、大学内部制度如何能体系化,有关这些问题的理论研究仍较为滞后。本研究基于系统学理论并结合教育学和法学的相关知识,首先通过文献研究法对大学内部制度体系等相关概念予以明确。其次,通过比较分析法,在归纳得出大学外部制度体系在规范性文件制定上存在共性以及宪法以其目的根本性在大学制度体系中发挥统领作用等结论的基础上,根据系统学相关理论,通过大学章程及大学内部规范性文件在大学制度体系中的位置,明确大学章程与大学内部规范性文件的系统功能,并在此基础上进一步提出章程在大学内部体系中的统领作用发挥机制:章程对于展现各大学内部制度体系的整体性而言是必要的,应通过规定大学内部管理根本准则来实现大学办学“共性”与“个性”、“目的”与“手段”的统一从而发挥章程的统领作用。另外,“完善”“规范”“统一”是大学内部制度体系化过程中的价值取向,在明确“完善”“规范”“统一”的法理内涵和基于“以章程为统领”语境下的现实内涵的基础上,提出要形成以章程为统领的完善、规范、统一的制度体系过程中应遵循三个具体原则,即完备性原则、协作性原则及可执行性原则。再次,为了进一步了解我国大学内部制度体系建设的现状,并由于对学生管理制度进行研究具有现实迫切性,本研究以大学内部学生管理制度为例,通过对国内38所“985”大学的章程文本及其中一所“985”大学与学生管理制度相关的内部规范性文件进行文本分析及个案研究,分析大学内部制度体系建设的实然状态,发现当前大学内部制度体系在完善性、规范性及统一性方面仍存在不足之处,章程在大学内部制度体系中的统领性仍有待增强,而新修订《普通高等学校学生管理规定》的颁布,意味着当前大学内部学生管理制度的调整面临着两大任务,其一是学生权利与学生管理制度等相关内容的修订,其二是藉此机会对前文分析得出的大学内部制度体系存在问题一并予以解决。本研究认为,大学内部制度体系建设在应然状态和实然状态间存在着差距,而导致现行大学内部制度体系规范性及统一性欠缺,原因包括三方面:其一是大学内部制度建设以问题为导向、章程长期缺位的现实情况;其二是大学内部规范性文件制定标准存在缺失;其三是大学内部制度建设存在“惯性思维”和“人治思维”。要形成以章程为统领的完善、规范、统一的大学内部制度体系,本研究提出三点建议:一,大学内部制度体系建设需要有系统思维、法治思维并将大学理念贯穿其中;二,继续加强大学内部制度体系顶层设计;三,重视大学内部规范性文件的完善性、规范性与统一性建设。