2008年6月,我国财政部、证监会、审计署、银监会和保监会联合发布了被称作中国“萨班斯法案”的《内部控制基本规范》。《基本规范》的颁布标志着我国的内部控制整体框架已经搭建完成。然而随着很多具有“完美内部控制”的上市公司相继破产,内部控制在规避风险方面的作用一度引起学者们的质疑。此外,为了保证公司的经营状况,提高公司规避风险的能力,除了做好内部控制,还需要独立审计这一外部监督机制。由于我国现行经济体制的缺陷,以及公司所有制结构的不合理,我国的审计市场也面临着很多问题,审计师的独立性经常受到威胁,审计意见的可靠性难以得到保证。本文首先回顾了国内外学者对于内部控制、公司治理结构以及审计意见的相关文献。在理论研究部分,文章将公司治理结构看作是内部控制环境中的组织结构因素,详细阐述了公司治理结构与内部控制的“互动”关系；并对委托代理关系下的独立审计进行理论研究；最后从公司治理的角度,分析了内部控制质量与审计意见的相关性。在理论分析的基础上,结合我国的公司治理结构的具体情况,从管理层薪酬结构和股东股权结构这两方面提出了研究假设。本文选取2009-2011三年A股上市公司作为样本数据,以管理人员的薪酬和公司的股权集中度作为解释变量,建立probit回归模型,对内部控制质量与审计意见的相关性进行实证研究。通过对变量的描述性统计、相关性分析和模型的多元回归分析,本文得出结论：上市公司管理人员的薪酬和公司的股权集中度都与审计师出具标准审计意见的概率存在显著的正相关性。为了检验模型的稳健性,本文将公司资产规模这一控制变量替换为公司收入规模,对模型进行probit回归,并得出了相同的结果。最后本文基于我国内部控制市场、资本市场以及审计市场的现状,提出了相应的政策建议。