碱金属离子Na⁺和K⁺是自然界中含量最丰富的金属离子，它们在多种生命过程和化学过程中起到至关重要的作用，Na⁺和K⁺与多肽和蛋白质的相互作用促进了许多生命过程完成，因此Na⁺/K⁺与一些简单模型体系的相互作用受到了科学界的广泛关注，尤其是它们与水分子、氨基酸和一些简单肽分子的相互作用。本文应用量子化学方法和原子-键电负性均衡方法（ABEEM/MM）对Na⁺（H⁺2O）n和K（H₂O）n（n=1⁶）体系以及Na⁺、K⁺与水、丝氨酸、苏氨酸以及六种二肽分子（甘氨酸二肽，半胱氨酸二肽，亮氨酸二肽，苏氨酸二肽，酪氨酸二肽和缬氨酸二肽）的相互作用的体系进行理论研究。首先选取Na⁺（H₂O）n和K⁺（H₂O）n（n=1⁶）体系作为研究对象，采用MP2/6-31⁺⁺G（d,p）方法进行几何构型的优化及频率的计算；进而在MP2/6-311⁺⁺G（2d,2p）水平下考虑基组重叠误差（BSSE），对优化得到的稳定结构进行了能量计算。在ABEEM/MM模型下，以从头算HF/STO-3G所计算的体系电荷为基准，重新拟合确定了Na⁺和K⁺的ABEEM/MM参数，并且构建了精确描述碱金属离子Na⁺/K⁺与水分子相互作用的势能函数，利用该函数计算了Na⁺（H₂O）n和K⁺（H₂O）n（n=1⁶）体系的结构和能量。与上述量子化学方法计算结果相比，在结构方面，Na⁺、K⁺与内水合层中水分的氧原子的平均距离RM-O的平均绝对偏差分别0.042和0.057，内水合层中水分子的氢氧键的平均距离RO-H的平均绝对偏差分别0.001和0.003；在能量方面，所计算的连续结合能的平均绝对偏差分别为0.373kcal/mol和0.052kcal/mol。将上述体系下的Na⁺和K⁺的ABEEM/MM参数用于研究Na⁺、K⁺与丝氨酸、苏氨酸以及六种二肽分子的相互作用的体系中,进一步构建用于Na⁺、K⁺与六种二肽分子各个体系的ABEEM/MM势能函数，计算了各个模型体系的电荷分布和总的结合能，其结果与量子化学计算结果相一致。