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以线粒体COI基因为分子标记，对长江中下游褶纹冠蚌（Cristaria plicata）10个群体共200个个体的遗传多样性进行了研究。获得了620bp的同源序列，A+T的平均含量为60．1％，明显高于G+C含量（39．9％），有105个核苷酸变异位点，占全部碱基数的17％，转换和颠换之比达到8．7，检测到了58个单倍型（GenBank登录号：EU698893-EU698950），hap-5是主体单倍型，占总个体数的41％。褶纹冠蚌鄱阳湖群体（PY）平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数均最高，分别为25．426和0．04101，太湖群体（TH）和衢州群体（QZ）遗传多样性参数较低。基于群体间遗传距离构建的NJ系统树中，洪泽湖内的3个群体与巢湖群体首先聚为一支，然后与由钱塘江群体、太湖群体、衢州群体和洪湖群体聚成的分支聚在一起，而后与洞庭湖群体聚在一起，最外侧一支为鄱阳湖群体。分子方差分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为0．2081（P<0．001），说明我国褶纹冠蚌的不同群体间存在一定的遗传分化。
褶纹冠蚌是我国主要的淡水珍珠蚌，本研究中，利用开发的三角帆蚌微卫星标记用于分析褶纹冠蚌的遗传多样性，检测有46．6％的引物可以成功扩增出目的片断。利用10对微卫星引物，对长江中下游8个褶纹冠蚌群体的遗传多样性及遗传结构进行了研究。本实验包括8个野生群体，鄱阳湖群体、洞庭湖群体、太湖群体、洪泽湖群体、巢湖群体、洪湖群体、钱塘江群体以及衢州群体。结果表明：在筛选出的10个基因座位中，共检测到56个等位基因，每个座位的等位基因为3～9个。8个群体的平均表观杂合度（Ho）为0．405～0．745，平均期望杂合度（He）为0．533～0．725。鄱阳湖群体具有最大的等位基因数和杂合度，洞庭湖其次，而太湖群体显示了最低的遗传多样性。所有群体遵守Hardy-Weinberg平衡，而Fst和AMOVA揭示了群体问具有显著的遗传分化。NJ系统树具有2个明显分支，首先衢州群体、钱塘江群体和太湖群体聚在一起，而其他5个群体聚为一支。本次研究为褶纹冠蚌的遗传多样性和遗传分化提供了基础资料，为检测天然群体的遗传改变和改善珍珠的产量与质量具有非常重要的意义通过磁珠富集法筛选褶纹冠蚌的微卫星标记。从外套膜中提取褶纹冠蚌的基因组DNA，经MseⅠ内切酶酶切，选取200-800bp大小的片段，采用（CA）15为探针，与pGEM-T载体连接，转化到大肠杆菌（Escherichiacoli）DH5α感受态细胞。获得了560个阳性克隆，对82个阳性克隆进行测序，获得5个重复以上的52个微卫星位点。利用Primer3．0进行在线设计引物，合成50对微卫星引物，结果表明，39对引物可扩增出特异性条带，18对具有高多态性。