禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）是一种从禽类宿主中分离并适应于该宿主的病毒,属正粘病毒科A型流感病毒属,可感染多种宿主。AIV具有独特的进化和适应能力,在新宿主中也有复制和传播的能力,跨物种传播事件时有发生。大多数AIV在水禽中很少或几乎不会引起疾病,但在家禽中的暴发中往往伴随着高死亡率,对养禽业以及人类健康具有极大威胁。因此,开展对AIV的监测以及流行规律的研究具有重要意义。本研究在2018-2019年在江苏盐城湿地珍禽国家级自然保护区、南京红山森林动物园、江苏省部分活禽交易市场等开展了禽流感病毒的流行病学调查,总计采集了 2474份样品,分离到2株H3亚型以及18株H9N2亚型AIV。研究发现,AIV总阳性率为5.13%,野生动物AIV阳性率为2.22%,市场样品阳性率为12.91%。AIV阳性样品鉴定分型后发现H5、H9亚型禽流感病毒检出率较高,分别占AIV阳性样品的33.07%、26.77%,且存在一定程度的H5、H7、H9亚型禽流感混合感染的情况。对两家示范性种禽场的AIV流行情况进行了监测,总计检测样品1176份,AIV阳性率为1.19%,未分离到AIV病毒。种禽场送检血清样品2601份,H5、H7、H9及NDV的HI平均效价都能达到27以上且比较稳定。对2株H3亚型分离株进行全基因组测序,分析发现除M、NA基因外,其它内部基因均属欧亚分支。M、NA基因发生了复杂的重组:B1278/H3N2分离株的NA基因以及B1180/H3N8分离株的M基因分别与H9N2亚型流感病毒发生重组,B1180/H3N8分离株的NA基因与北美分支N8亚型流感病毒发生重组,可能是野生鸟类在迁徙过程中病毒传播变异的结果。氨基酸序列分析发现:HA蛋白的裂解位点均为KQTRGIF,符合低致病性禽流感病毒的特点;HA蛋白的受体结合位点中,未发现明显的人类受体结合位点,表明毒株仍更倾向于与禽类细胞结合;PB2、M1、NS1蛋白的部分位点发生突变,增强了对小鼠的致病性与毒力;M2蛋白发生I27V的突变,降低了毒株对抗流感药物金刚乙胺、金刚烷胺的敏感性;与人流感H3N2亚型及部分H3亚型病毒株相比,其HA基因的糖基化位点数目较少且高度保守。对18株H9N2亚型病毒进行了 HA、NA基因的扩增以及遗传进化、分子特征分析。研究发现,所有H9亚型AIV毒株的HA基因均在Y280-like分支聚集,其NA基因均在BJ/1/94分支聚集,且与我国近年来江苏、江西、上海等地区的H9N2亚型流行株亲缘关系较近,与早些年发现的H9N2毒株关系较远,提示H9亚型的HA、NA基因已出现明显变异,需引起注意。所有H9N2亚型AIV毒株HA1与HA2蛋白间的裂解位点均为PSRSSRGLF,符合低致病性禽流感的特征。其HA蛋白受体结合位点处的氨基酸序列高度保守,与大多数H9N2流行株同一位置的序列相同,但部分H9N2分离株HA蛋白的198位点发生了突变。其HA蛋白的226和228位点均为Q和G,使毒株仍表现出与禽源α-2,3唾液酸受体结合的特性。NA蛋白序列分析表明,病毒对NA抑制剂仍非常敏感。本研究为江苏地区禽流感病毒的流行病学调查研究提供了数据支持,对禽流感病毒的遗传进化分析和疾病防控具有重要意义。