进入到21世纪，普通高校创办高水平运动队成为世界高校竞技运动的发展趋势，也为我国普通高校的体育改革树立了方向。从我国试办普通高校高水平运动队到现在，很多问题也随之凸显出来。尤其是普通高校高水平运动队的文化课学习与日常的训练比赛的矛盾越来越受到社会的关注。内蒙古自治区现有五所高校招收高水平运动员。从创办到现在，各校高水平运动队不断发展，培养了大批优秀的运动员，在自治区以及国内外各级比赛中取得了一定的成绩。但不可避免的，在发展过程中，内蒙古自治区普通高校高水平运动队也出现了文化课学习与训练比赛的矛盾。本研究采用文献资料法、问卷调查法、专家访谈法等研究方法，分析内蒙古五所学校的高水平运动队文化课学习与日常训练比赛的矛盾因素，得出以下结论论：学校对于高水平运动队的管理机制存在不完善；高水平运动员文化课学习与日常训练比赛存在时间上的冲突；教练员队伍的建设有待发展。通过对内蒙古自治区普通高校高水平运动员文化课与训练比赛矛盾因素的分析，找出解决的矛盾的具体方法，给出以下策略：（1）完善高校对于高水平运动员的管理体制，建立适合于学生的教学计划。（2）提高教练员的素质，加强教练员队伍的建设，建立更加科学的训练计划和训练时间（3）对于一些运动员，为其建立较为灵活的课时计划和教学内容。