论文部分内容阅读
胃癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,但是迄今为止,胃癌的具体发病机制仍尚未完全阐明。因此胃癌相关基因的克隆与功能研究,对阐明胃癌的发病机制、探讨有效的探针对胃癌的防治措施都有着重要的理论和实践意义。有研究报道肿瘤中在染色体1p35-36发现高频率LOH(loss of heterozygosity,LOH),这强烈提示该染色体区域存在未被克隆的肿瘤相关基因。Igarashi等通过实验发现胃癌在该染色体区域存在高频率的LOH,并认为该区域LOH在胃癌发生发展过程中起重要作用。本实验我们对该区域一个EST片段MDSCBC11所代表的新基因进行克隆,获得其cDNA全长序列,应用生物信息学对该基因进行初步分析。方法1运用5’RACE和3’RACE法确定MDSCBC11所代表基因的转录起始位点和全长。2运用Northern-bot确定MDSCBC11所代表基因转录本的大小和分布。3通过生物信息学方法分析MDSCBC11所代表基因的功能进行初步分析。结果1 5’RACE结果发现90bp5’RACE接头之后的碱基是A,从而确定MDSCBC11所代表基因的转录起始点为A,将该转录起始点A设为+1,该转录起始点位于翻译位点前8bp处2 5’RACE和3’RACE结果发现ELCOX3所代表基因的全长为822bp。3用ɑ-32P-dCTP标记ELCOX3所代表的基因cDNA片段,与4种成人组织的多组织Northern印迹膜杂交。结果表明,该基因在肝、脑、肾、肺中都有表达,在肾中表达最高,肺中表达最低,在肾和肝中有两个转录本。转录本大小为0.8kb,与5’RACE和3’RACE结果所获得的基因全长cDNA大小一致。4该基因cDNA序列全长为822bp阅读框架位于第8-793位之间,编码261个氨基酸,预测的分子量为29.97 kDa,该基因定位于线粒体。ExPASy服务器和NCBI的Blast软件的分析结果表明,MDSCBC11所代表的基因与人COX3基因同源(相似性为99%),所以所克隆基因命名为ELCOX3。在基因的5’非翻译区没有发现CpG岛。该蛋白质理论PI为6.78,为一种弱酸性蛋白质。结论1 ELCOX3基因的转录起始点为A,该转录起始点位于翻译位前8bp处。2 ELCOX3基因的全长cDNA为822bp,与人COX3基因同源。3 ELCOX3基因在正常组织高表达,在肾和肝中有两个转录本。