当前，推进国家治理体系和治理能力现代化已成为我国改革的总目标。治理有别于管理，是一种新的改革思维及行动方式。治理的实现有赖于新的顶层设计，而顶层设计的关键是制度设计。据悉，在十八届三中全会公报中，有44次提到制度，可见，制度建设已成为我国改革新的启动点。在此背景下，介于大学的独特属性和中心地位，大学治理现代化将成为国家治理现代化的新亮点，但大学治理现代化的核心依然是制度设计。制度的设计有好有坏，如何能反映时代取向和人本追求，则需要伦理的导引，而伦理也并非仅指制度的善恶或道德与否，更是指制度的科学、民主与法治。为此，以制度伦理为视角，对我国大学治理结构中长期积弊的一些问题进行制度分析、设计及伦理判断，将有助于推进我国大学内部治理结构的改革。论文共分为五个部分：第一部分，制度伦理的界说。针对当前制度伦理的定义，依据制度的本质特征、社会需要以及人们认识事物的特有方式，对制度伦理提出了再认识。笔者认为，制度伦理并非仅指形而上的道德判断，更是指制度的价值追求，是制度功用价值与道德价值的辨证统一。第二部分，制度伦理的思想渊源。制度伦理在西方由来已久，滥觞于古希腊时期的民主思想及民主制度。启蒙时期，洛克、孟德斯鸠等人的“三权分立”说使资产主义制度走向了近现代文明，并成为国家治理的范式。当代西方的制度伦理主要以维护资本主义制度为核心。在古老的东方，制度伦理自西周以来一直是以个体道德伦理的外化为指代，未曾在国家层面进行过实质探索，最终影响了近现代中国的发展。当代中国，无论是国家复兴还是民族复兴，均需要制度伦理思想的勃兴与构建。第三部分，大学治理结构中存在的制度伦理问题。在制度伦理视角下，我国大学治理结构中的领导体制、决策机制、教代会制度以及学术管理等方面均存在着制度设计的问题，未能体现制度的功用价值和道德价值。第四部分，大学治理结构中存在制度伦理问题的原因。应当承认，思想没有解放、大学章程及现代大学制度建设滞后是其中的原因。但是，社会结构的制约、教育政策的影响以及治理人才的缺乏是问题形成的深层次原因。第五部分，大学治理结构中制度伦理建设的对策。制度伦理建设需把握两个要点：制度的功用价值和道德价值，二者缺一不可。制度的功用价值也是制度的现实价值，是以科学、民主、法治为原则，任何的制度设计都必须接受此原则的统领；而道德价值也是制度的应然追求，其具体形式是在制度设计中体现应有的人文情怀与伦理关怀。