烟草(Nicotiana tabacum L.)在生物学研究中是一种重要的模式系统,它被广泛的应用在植物病理,尤其是生物反应器领域。尽管它对生物学研究很重要,但是只有有限的分子标记资源可以被用来进行基因组分析而且在遗传作图和育种等方面可用的资源也很少。限制性位点关联的的DNA测序技术,在近几年的二代测序的发展大潮中已经崭露头角,已经成长为研究跨越多个体基因组的重要新方法。这种方法对于通过连锁作图的进行的遗传分析有着巨大的潜力。我们用提取自回交一代群体(BC1)的基因组DNA构建了限制性位点基因组文库(RAD)。运用IlluminaHiSeq 2500平台,总共测序了196株烟草的基因组DNA。我们运用两种不同的方法构建了两幅不同的的连锁图。第一幅连锁图是基于有参考基因组的连锁图,第二幅是不基于参考基因组的。有参考基因组的连锁图总共4138个SNP标记,总遗传距离1944.74cM,第二幅图总共2162个SNP标记,总遗传距离2000.9cM,两幅图都构建出了24个连锁群(LGs)。运用两种不同的基于二代测序的RAD的技术的SNP开发方法,在我们的回交群体中分别找到4318个SNP和2162个SNP标记能挂载到两幅连锁图上。对于高密度连锁图的构建,本研究给出了一个很好的范例,无论是有参考基因组还是没有参考基因组,只要经过合理的实验设计,文库构建和测序,都能构建出可用的的连锁图,当然有参考基因组的连锁图密度将会比没有参考的好得多,这会有利于下游的遗传育种分析及数量性状定位(QTL)及基因组辅助育种。