我国金融体系中比较薄弱的环节是农村金融。在农村金融中,农村信用社的垄断以及金融支农效率的不断弱化,导致了我国农村金融市场一直处在失衡、低效的状态。我国农村新型金融组织为了填补农村金融市场的空白并且满足农村多元化的服务需求而营运而生。我国农村新型金融组织包括村镇银行、小额贷款公司、新型农民资金互助社。我国农村新型金融组织能否在农村金融市场上占有一席之地,其能否利用自身的优势充分发挥自身运行效率并且给农户带来实惠成了公众关注的焦点。因此,本论文对我国农村新型金融组织运行效率进行实证分析。首先,在回顾了国内外研究现状的基础上,依据农村金融发展理论的农业信贷补贴论、农村金融市场论以及不完全竞争论界定了我国农村新型金融组织的内涵以及其存在的合理性,依据金融结构论分析我国农村新型金融组织在农村金融市场上的竞争力,根据金融效率论在一定程度上了归纳并总结了数据包络分析这一理论方法,在此基础上列出了数据包络分析方法的理论模型。其次,对我国农村金融组织运行效率的影响因素进行分析,得到的研究结果是农村新型金融组织的数量在逐年快速增长,但是相对于传统的农村金融机构来说网点覆盖面比较小；利率扭曲的存在以及农村金融市场中农村信用意识淡薄、法律框架薄弱均影响我国农村新型金融组织的运行效率。再次,通过DEA方法对我国农村新型金融组织运行效率进行评价。得到的研究结果是：从总体上看我国50%的农村新型金融组织达到运行效率有效,50%的农村新型金融组织达不到运行效率有效；对于非DEA有效的农村新型金融组织的输入输出量调整后,若要达到有效可以在保持主营业务成本和主营业务收入不变的条件下,适当减少职工人数、资本金、存款规模和净利润或者是可以在保持主营业务成本、存款规模和净利润不变的条件下,适当减少职工人数、资本金并增加主营业务收入；除了自身所处地区经济条件差异以外,我国农村新型金融组织运行效率的差别主要表现在主营业务收入、主营业务成本以及存款规模等方面,的各项指标较好的农村新型金融组织的运行效率较高。最后,提出了加强农村新型金融组织的盈利能力、建设良好的农村金融生态环境以及差别化的提高村镇银行、小额贷款公司和农民资金互助组织的运行效率的对策