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研究目的:
一、应用芯片技术,筛选在正常宫颈和宫颈癌之间,IIPV阳性和HPV阴性宫颈癌之间差异表达的miRNA;
二、预测差异表达的miRNA的靶分子,探讨宫颈癌发生的机制。
材料和方法:
一、选取13例宫颈癌及其配对的正常宫颈组织样本,手工显微切割获得目标细胞,PCR检测HPV感染情况;
二、Trizol法分离总RNA,PEG法分离组织混合样品及HPV阳性的Ca Ski细胞和HPV阴性的C-33A细胞的低分子量RNA,经 Cy3荧光标记后与含有576条人类miRNA探针的芯片杂交;
三、用SAM软件,以FC大于2.5筛选在正常宫颈和宫颈癌之间, HPV阳性和HPV阴性宫颈癌组织之间,Ca,Ski和C-33A细胞之间差异表达的miRNA;
四、实时荧光定量PCR验证miR-496,miR-34b,miR-34c的差异表达;
五、TargetScan软件预测差异表达的miRNA的靶基因,寻找和宫颈癌发生相关的分子。
实验结果:
一、从宫颈癌和正常宫颈组织中纯化得到肿瘤细胞和正常鳞状上皮细胞。13例宫颈癌中HPV阳性11例,阴性2例,13例正常宫颈HPV均为阴性。
二、 RNA经定量和电泳检测,质量满足芯片杂交需求。宫颈癌细胞系,宫颈癌和正常宫颈组织miRNA芯片杂交模型建立成功。
三、发现38个在正常宫颈和宫颈癌之间差异表达明显的miRNA。33个miRNA在宫颈癌中表达明显降低,其中8个miRNA可以预测到靶基因,包括65个肿瘤基因;5个miRNA在宫颈癌中表达明显升高,但没预测到靶基因。
四、发现6个在HPV阳性和HPV阴性宫颈癌组织之间差异表达明显的miRNA,在HPV阳性的宫颈癌中,有5个表达明显升高,靶基因中39个是肿瘤基因;1个表达明显降低且没有预测到靶基因。
五、发现16个在Ca Ski和C-33A细胞之间差异表达明显的miRNA,在Ca Ski组中表达都明显升高。靶基因中101个是肿瘤基因。 miRNA-34b,34c,200b在组织和细胞系中的差异表达一致。
六、实时荧光定量PCR证实miR-496在宫颈癌中的表达明显低于正常宫颈;miRNA-34b,34c在HPV阴性宫颈癌中的表达明显低于HPV阳性宫颈癌;与芯片检测结果一致。
结论:
1.手工显微切割是从宫颈组织标本中纯化目标细胞的有效手段。
2.微阵列芯片是一种有效的高通量分析宫颈癌miRNA差异表达的研究手段。
3.使用含有576个人类miRNA探针的芯片,筛选出38个在正常宫颈和宫颈癌之间差异表达明显的miRNA。6个在HPV阳性和HPV阴性宫颈癌组织之间差异表达明显的miRNA。16个在Ca Ski和C-33A细胞之间差异表达明显的miRNA。
4.实时荧光定量。PCR证实miR-496在宫颈癌中的表达明显低于正常宫颈;miRNA-34b,34c在HPV阴性宫颈癌中的表达明显低于HPV阳性宫颈癌。实时荧光定量PCR是检测单个miRNA表达水平的有效手段。
5.差异表达的miRNA的预测靶分子中包括多个肿瘤基因,有助于认识宫颈癌发生的分子机制。