菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum),是我国重要的海产经济贝类之一,壳色可以作为选择育种的一种重要指标,研究壳色的形成和表达机制对贝类的遗传育种有重要意义。本研究利用高通量测序技术分析了菲律宾蛤仔橙蛤,斑马蛤,白斑马蛤和白蛤外壳颜色多态性的相关基因。结果表明,共测序得到492,780,414 raw reads,通过过滤得到456,080,414 clean reads,组装成480,552,960转录本,注释在7种数据库中。选出18个与壳色相关基因进行荧光定量PCR验证,其中ptyr,mitf1,mitf2,mitf4,adc3和ras在黑色素合成通路中,证明黑色素的合成在贝壳色素沉着中起重要作用,与壳表面颜色的形成密切相关。橙蛤相比于其他壳色蛤仔,在卟啉和叶绿素代谢结合钙信号通路中有较多的差异基因,我们推测橙色的形成与卟啉和叶绿素代谢结合钙信号通路有关。同时利用高通量测序技术分析了菲律宾蛤仔稚贝壳色出现前后差异转录组,结果表明,共得到215,232,470个raw reads,过滤得到169,573,742个clean reads,拼接得到212,107,615个转录本。选出18个与壳色相关基因进行验证在基因注释结果中,heph和fth1在啉和叶绿素代谢中参与铁离子的运输,与橙色形成起重要作用,除此之外,nnt作为烟酰胺的一种黑色素细胞抑制剂也在研究中发现。贝类表面条纹的形成要比背景色形成复杂,eprs与got2都为下调基因,共同作用在通路“次生代谢产物生物合成”(ko01110)微生物次生代谢可能促进了条纹的形成。为了进一步探索黑色素形成关键酶,利用RACE克隆技术得到酪氨酸酶(tyrosinase,tyr)基因全长,获得蛤仔tyr基因cDNA基因全长2552bp,并利用实时荧光定量PCR研究了tyr基因在不同壳色蛤仔和不同组织中的表达特性,结果表明,不同的酪氨酸酶基因在4种壳色的表达量不同,酪氨酸酶基因tyr2、tyr3、tyr6和tyr9在白斑马蛤中表达量居高,且与斑马蛤和白蛤差异显著(P<0.05)。tyr2、tyr6和tyr10在橙蛤中表达量最高,可能与橙色形成有关。tyr11在斑马蛤中表达量最高,且与白蛤和白斑马蛤差异显著(P<0.05),可能与背景色形成有关。验证了酪氨酸酶基因促进黑色素形成,同时证明了酪氨酸酶基因与黑色素壳色形成有关,以及不同组织中酪氨酸酶基因表达量的变化。利用RNA干扰技术验证了tyr基因在蛤仔成体中在24 h发生基因沉默,为进一步对菲律宾蛤仔壳色的遗传机制以及相关功能研究提供参考。通过荧光定量PCR技术对mitf在菲律宾蛤仔不同组织和不同壳色品系中的表达情况进行研究。不同mitf基因在4种壳色中均有表达。mitf1,mitf3,mitf4,mitf6,mitf7基因均在橙蛤中表达量较高,同时与斑马蛤均差异显著(P<0.05)。mitf1,mitf2,mitf3,mitf5基因均在白斑马蛤仔壳色中有较高表达,同时与斑马蛤和白蛤均差异显著(P<0.05),所有基因均在斑马蛤中表达量低,且与其他壳色蛤仔差异显著(P<0.05)。验证了mitf基因与黑色素形成有着密切联系,以及mitf基因在不同组织中表达量的变化,利用RNA干扰技术验证了mitf基因在蛤仔成体中在48 h发生基因沉默。这些工作为后续功能基因研究的开展和分子育种工作提供有价值的信息。