毒沟褶菌(Trogia venenata)是一个具有争议的、能导致不明原因死亡(SUD)的致命蘑菇,主要分布在中国的西南地区。为探索其致命机制,研究人员们已经分析了该真菌可能导致人类死亡的相关因素：两个非蛋白氨基酸、重金属钡含量及其他因子。本研究采用多基因联合分子遗传学的方法探讨了该物种的基因型多样性、群体结构、自然条件下的生殖模式以及群体间的遗传分化水平对其致命因子的影响。鸡油菌属真菌具有重要的经济、生态和科研价值,代表类群是鸡油菌复合种Cantharellus cibarius species complex (CCSC)。云南地区是现代物种多样性中心之一,鸡油菌物种丰富。但是,由于缺乏系统学和生物地理学研究,目前该属真菌的系统学研究主要局限于欧美、非洲等地区。本研究利用多基因片段作为分子标记,结合GenBank中已有的数据,对鸡油菌复合种的物种多样性、分子系统学和生物地理学等进行了探讨,主要结果如下：1.毒沟褶菌(T.venenata)群体遗传学研究本研究于2010-2011年进行了多次实地调查和样品采集,选择了七个地区进行了采样,采样点主要集中于楚雄大姚县、大理市祥云县、鹤庆县和宾川县以及腾冲县等地区,其中五个地区有不明原因死亡实例,共采集了232份样品。采用了ITS、β-tub、rpb2和tef1-α四个基因片段,运用多基因联合分析的方法对毒沟褶菌(T. venenata)进行群体遗传学研究。本研究中ITS片段用于对样本进行分子鉴定,其他三个蛋白编码基因用于分子遗传学分析。结果表明,β-tub、rpb2和tef1-α三个基因片段能够识别丰富的遗传变异位点,可以准确反映各个地理群体间的遗传分化水平。单倍型多样性分析、分子遗传差异(FST)和群体结构分析揭示T. venenata群体内的遗传多样性较高,分子变异主要分布于地方群体内部,群体之间存在明显的结构特征—7个地理群体属于4个遗传群体,群体间有较低水平的基因交流,孢子传播及有性生殖过程对保持群体遗传多样性和稳定性起到重要作用；哈迪-温伯格平衡检测和基于单核苷酸多态性位点(SNPs)的连锁平衡分析证明T. venenata群体间遵循随机交配模式,近亲繁殖方式也是该菌生殖模式的重要组成部分。Mantel检测结果显示T. venenata群体之间的遗传距离与地理距离之间具有微弱的正相关关系,其遗传分化与钡含量呈负相关关系。2.鸡油菌复合种(CCSC)分子系统学与生物地理学研究本研究选取了云南省16个地区和5个欧洲地区共414份鸡油菌样品,采用了tef1-α, rpb1，chs1和ATP6四个基因,对其进行了系统学研究和系统发育种的识别。首先,采用309份样品的tef1-α序列进行Blast比对,结果显示我们的样品与GenBank数据库中的6个鸡油菌属真菌种的序列相似度最高。将符合要求的序列进行比对和保守区的选择,通过GenAlEx分析后,共识别出47种基因型。其次,使用基因型序列(47种)和参考序列(47个)组成的数据集进行系统发育分析共识别出7个系统发育分支(A-G),其中末端分支A、E、F、G仅含有云南地区的样品,分支B、C、D为来自欧洲的样本。通过多基因谱系一致性物种识别(GCPSR)方法鉴定出4个已知种,即B分支属于C. tenuithrix、D分支属于C. amethysteus、E分支属于伤锈鸡油菌(C. ferruginascens)和F分支属于C. lewisii; 1个新的系统发育种,即分支G；2个分支(A和C)可继续拆分为多个物种,即样品中的疣孢鸡油菌(C. tuberculosporus)和鸡油菌(C. cibarius)存在多个隐存种,揭示鸡油菌在欧洲和云南地区具有很高的物种多样性,自然界中仍然存在着大量还未被描述的种。此外,依据子囊菌和担子菌的分化时间(约582Mya)为基点,基于rpb1和tef1-a联合基因的分子钟分析显示鸡油菌的初始分化时间为209±32 Mya (121-335Mya,95% HPD)。该类真菌广泛分布于北温带地区,基于最大似然法分析和Bayesian Binary MCMC analysis两种方法进行的历史分布区重建结果支持该真菌主要起源于非洲南部以及美国南部地区。随后,该类真菌进而向非洲北部、欧亚大陆扩散和传播,且有明显的地区特有现象,推测可能与冰川进退导致的多次传播与隔离事件紧密相关,但也不排除人为引种其共生树种所致。