克氏原螯虾,学名Procambarus clarkii,俗称淡水小龙虾,原产于美国南部和墨西哥北部,随着人类活动的影响,其种群迅速扩展至夏威夷、日本、欧洲和尼罗河流域。克氏原螯虾于20世纪30年代初作为牛蛙饵料由美国移植到日本的本州,30年代末由日本引入到中国,在南京和滁县附近地区生长繁殖后沿长江流域自然扩散。自1983年中国科学院北京动物研究所戴爱云首次提倡将淡水螯虾加以开发利用,克氏原螯虾已成为我国一种重要的水产资源。随着其自然种群的扩展和人类的养殖活动,现已广泛分布于我国东中部地区十余个省市,在有些地方已成为一些湖泊和沟渠的优势种群,但其主产区还是在长江流域。本研究利用微卫星标记和mtDNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因对南京(NJ)、盱眙(XY)、合肥(HF)、南昌(NC)、沅江(YJ)、武汉(WH)、潜江(QJ)、窑湾(YW)等长江中下游地区8个克氏原螯虾群体的遗传多样性状况及遗传结构进行了本底调查,旨在为有针对性的开展克氏原螯虾资源保护和遗传育种提供科学的参考依据。本研究所得主要结果如下:(1)利用17对微卫星引物对长江中下游地区8个克氏原螯虾地理群体进行遗传多样性分析表明,①8个地理群体的平均观测杂合度为0.4221(QJ)～0.5170(YW)、平均期望杂合度为0.4024(HF)～0.6121(NJ)、平均多态信息含量为0.3408(HF)～0.5624(NJ),说明长江中下游地区8个克氏原螯虾群体的遗传多样性处于中等水平,其中南京群体遗传多样性最高,合肥群体最低。②8个克氏原螯虾群体的基因交流值为0.9890(HF-WH)～5.9161(NJ-NC)、种群分化指数为0.0405(NJ-NC)～0.2018(HF-WH)、遗传相似系数为0.5960(HF-WH)～0.8997(NJ-NC)、遗传距离为0.1057(NJ-NC)～0.5175(HF-WH)。UPGMA法聚类结果显示8个群体可分为3组:南京群体、南昌群体和盱眙群体聚为一组,沅江群体、潜江群体、武汉群体和窑湾群体聚为一组,合肥群体自成一组。(2)利用mtDNA COI基因对长江中下游地区8个克氏原螯虾地理群体进行了遗传多样性和遗传结构研究,测定了8个群体88个个体mtDNA COI基因序列,经序列比对获得1386bp核苷酸片段。分析表明,①88个克氏原螯虾序列检测出25个变异位点,各群体变异位点数在15(NJ)～23(WH);定义了42个单倍型,合肥群体单倍型多样性(0.964±0.077)和核苷酸多样性(0.00680±0.00117)最高,沅江群体单倍型多样性(0.491±0.175)和核苷酸多样性(0.00288±0.00142)最低,说明合肥群体遗传多样性最高,沅江群体遗传多样性最低。②AMOVA分析表明,8个克氏原螯虾群体间总遗传分化系数Fst=0.0989,表明在整个遗传变异中群体间占9.89%,其余的大部分变异来自于群体内,群体间遗传分化水平较低,为中等程度的遗传分化。(3)通过微卫星标记和mtDNA COI基因的序列分析表明,目前我国长江中下游地区克氏原螯虾群体遗传多样性处于中等水平,8个群体之间存在一定程度的遗传分化。从资源保护的角度来说,应尽可能地进行资源的遗传交流,避免遗传多样性的降低;从开发利用的角度来说,在今后的选育、开发和利用中应充分利用遗传多样性高的群体做亲本,促进克氏原螯虾产业健康可持续发展。