论文部分内容阅读
目的:本研究拟通过分析EGFR、KRAS突变肺腺癌特有及共有的转录调控网络,筛选EGFR、KRAS突变肺腺癌特有及共有关键分子标志物。探讨临床EGFR、KRAS突变肺腺癌转移、复发、耐药及预后不良机制,为EGFR、KRAS突变肺腺癌现有临床方案的优化提供理论依据。方法:首先,以来自GEO和TCGA数据集的EGFR、KRAS突变肺腺癌的基因芯片及高通量测序原始数据为研究对象,按照拟定标准处理建立二级数据库。而后,应用差异表达分析、功能富集分析、网络分析等方法分别建立EGFR、KRAS突变肺腺癌转录调控网络,分析转移、复发、耐药相关基因,应用生存分析法筛选预后相关基因。随后,应用关联分析法建立EGFR、KRAS突变肺腺癌共有转录调控网络,分析两者转录水平的共有关系及相互作用,筛选共有关键基因。结果:本研究建立了1个EGFR、KRAS突变肺腺癌转录组数据库,包括对应生存数据库9个,其中基因芯片数据库3个,转录组数据库6个,共纳入肺癌患者1542例。构建并分析EGFR突变肺腺癌转录调控图谱及mRNA子网络,发现关键基因共492个,其中mRNA 323个、lncRNA 156个、miRNA 13个。GO功能富集分析显示这些基因功能类型广泛,包括免疫、能量代谢、细胞周期、血管生成等,与癌症发生关系密切。其中16个基因与EGFR突变肺腺癌不良预后有关(4个mRNA、1个miRNA、11个lncRNA)。全部关键基因共涉及免疫、感染、心脏功能、细胞增殖分化在内的37个信号通路。构建并分析KRAS突变肺腺癌转录调控图谱及mRNA子网络,发现关键基因共549个,其中mRNA 407个、lncRNA 118个、miRNA 24个。GO功能富集分析显示这些基因功能分布广泛,包括免疫、能量代谢、细胞周期、血管生成相关等,与癌症发生关系密切。其中26个基因与KRAS突变肺腺癌不良预后有关(5个mRNA、4个miRNA、17个lncRNA)。全部关键基因共涉及包括免疫、感染、心脏功能、细胞增殖分化在内的109个信号通路。构建EGFR、KRAS突变肺腺癌共有转录调控图谱及mRNA子网络,发现共有关键基因256个,其中mRNA 163个、miRNA 13个、lncRNA 80个;共有GO富集结果85个,提示这些基因在功能上具有相似性;在不同类型RNA的作用通路方面,发现共调控通路30个。结论:EGFR突变肺腺癌,在mRNA水平上LDLR、NT5E、SALL1、NRIP3与预后不良有关,LCN2、CD52是EGFR突变肺腺癌预后的保护性基因;非编码RNA方面,hsa-mir-182、AP000553.1、AP002478.1、C5orf64、C10orf91、FNDC1-IT1、HOTAIR、HS6ST2-AS1、MALAT1、STEAP2-AS1、U52111.1、AL391152.1与预后不良有关,未来需基础及临床研究加以验证。KRAS突变肺腺癌,在mRNA水平上TCN1、FABP4、VIPR1、FAM83A、GPC3可能与预后不良有关,COL6A6、HES6、SOSTDC1、PCP4可能是KRAS突变肺腺癌预后的保护性基因;非编码RNA方面,hsa-mir-31、hsa-mir-143、hsa-mir-182、hsa-mir-200a、AC022148.1、AC061975.6、AL391152.1、AP000553.1、AP002478.1、C5orf64、C10orf91、DLEU7-AS1、FNDC1-IT1、HOTAIR、HS6ST2-AS1、LINC00163、LINC00221、LINC00518、MALAT1、STEAP2-AS1、U52111.1可能与预后不良有关,未来需经基础及临床研究进一步加以验证。EGFR、KRAS突变肺腺癌,在mRNA水平上,IL-6、UBE2C、AURKA有可能成为EGFR、KRAS突变肺腺癌的共有基础治疗靶点;在非编码RNA方面has-mir-182、AL391152.1、AP000553.1、AP002478.1、C5orf64、C10orf91、FNDC1-IT1、HOTAIR、HS6ST2-AS1、MALAT1、STEAP2-AS1、U52111.1可能与EGFR和KRAS突变的相互作用有关,未来需经基础及临床研究进一步验证。