进入21世纪以来，随着信息技术的迅猛发展，人类逐步进入了信息经济时代。随着网络经济、电子商务的日益壮大，科研院所的经营管理模式和生存环境发生了翻天覆地的变革。这也使得科研院所的财务管理工作面临着严峻的考验。因此，积极推进科研院所财务管理信息化建设，不仅完善了财务管理信息化建设的理论，同时也成为加强科研院所管理、深化科研院所改革的有效途径。然而，在目前情况下，对大多数科研院所来说，财务管理信息化进程缓慢，一方面是由于信息化建设的条件尚不具备，另一方面在信息化建设的过程中，也存在着种种障碍，如何探讨出一条适合科研院所实际的财务管理信息化建设道路，就成为摆在广大科研院所面前的，需要亟待解决的问题。本文在一开始较为系统地介绍了财务管理信息化的基本理论，就财务管理信息化的特质和历史发展进程做了充分的介绍和分析，并在此基础上简单阐述了科研院所财务管理信息化的发展状况；其次就科研院所财务管理信息化的现状进行了详细的分析和说明，针对其在发展过程中存在的内、外部条件的限制，结合财务管理信息化的目标，在技术、设备、制度等多个层面对科研院所财务管理信息化提出了一系列的对策和建议；最后，结合航天十一院的具体案例，分析了其财务管理信息化改革的总体思路和原则，分别从硬件系统和软件系统两个方面介绍了航天十一院财务管理信息化的具体内容，提出了科研院所财务管理信息化的重构思路和改革方向，这些都对其他科研院所财务管理信息化改革具有较强的借鉴意义，同时从航天十一院财务管理信息化改革方案中也归纳和总结了一些经验和启示，指出了未来努力的方向，希望对科研院所财务管理信息化的应用具有一定的参考价值。