前言：　　随着社会的进步、经济的发展及人民生活水平的提高，健康已经成为人民重点关注的问题。提高医学知识水平和科学研究能力，并将其转化为卫生政策和临床诊疗能力，是解决我国现存卫生问题和实现医疗改革目标的关键。按照《健康中国2030规划纲要》及《全面推进卫生与健康科技创新的指导意见》的要求，三级甲等医院的供给侧改革必须围绕“提高诊疗能力”这一关键问题延展开来，提高“临床诊疗能力”必须提高临床研究能力，打造研究型医院是毋庸置疑的。医学科学研究尤其是与临床诊疗能力密切相关的医学基础研究和临床研究已成为影响研究型医院建设、健康中国战略发展、中国医疗改革的关键因素。　　科研论文作为科研产出的主要呈现形式，其数量和质量可以反映一个国家、地区的科研实力和水平。本研究旨在通过医学基础研究与临床研究类科研论文的文献计量学分析，为我国科研管理部门的政策制定提供数据支持。　　材料和方法：　　本研究中、美、日三国发文数据源于pubmed数据库，国内七区35家具有代表性医疗机构发文数据源于PubmedPlus数据库。国内35家医疗单位选自复旦大学医院管理排行榜（综合）榜公布的东北、华北、华东、华南、华中、西北、西南各区综合实力排名前五位的医院。　　本研究首先结合美国NIH医学临床研究的定义，以科研论文研究内容为依据，主题词、特征词为媒介工具制定医学基础研究和临床研究论文的分类标准。并应用文献计量学的指标和方法，在国家、地区、医疗机构三个层面上进行医学基础研究和临床研究论文的数量和质量分析，对比国内外、国内七区基础研究与临床研究论文发文量、构成比的变化;探讨基础研究与临床研究类论文与国内医院排名的相关性。　　结果：　　1、基于科研论文研究内容制定医学基础研究与临床研究论文分类标准（医学基础研究与临床研究论文总比例＜100％）。　　2、2006-2015十年间，中国、日本临床研究类论文比例呈增长趋势，美国呈降低趋势;中国基础研究类论文比例高于美国和日本，但临床研究类论文比例确远低于美国和日本。　　3、国内七区在发文数量和发文质量上存在差异性，华北区和华东区发文数量和质量较高，临床研究类论文比例较高，西北区、东北区相反。　　4、国内医疗机构排名与科研论文发文量呈正相关，与临床研究类论文比例呈正相关，与基础研究类论文比例不相关。　　5、国内医院排名与其发文质量呈正相关，其中:医疗机构排名与被引呈正相关;与0≤IF＜2.5、2.5≤IF＜5、IF＞5论文数正相关，与0≤IF＜2.5、2.5≤IF＜5、IF＞5论文比例不相关;与Q1、Q2、Q3、Q4分区论文数量均呈正相关，与Q1、Q2、Q4分区论文比例不相关，与Q3分区论文比例负相关。　　结论：　　1、医学基础研究与临床研究类论文分类标准应基于科研论文的研究内容，《医学主题词表》及主题词、特征词是完成构建分类标准（检索式）的媒介。　　2、中、美、日三国医学基础研究与临床研究类论文发文比例存在差异性，中国临床研究资源丰富，但临床研究类论文发文比例最低。　　3、科研论文是国内医院排名的一个重要指标，医学基础研究和临床研究类论文对医院排名的贡献度不同，临床研究类论文比例越高，医疗机构排名越靠前。　　4、科研管理部门应引导科研人员发表高质量的科研论文，尤其是Q1、Q2分区及IF＞5的基础研究类论文。