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马氏珠母贝(PinctadafucataGould)又称合浦珠母贝，是世界上海水珍珠培育的主要母贝，广泛分布于我国南方海区。近年来，随着我国马氏珠母贝养殖规模的不断扩大，越来越多的人工种苗被广泛应用，由于缺乏充足的亲本筛选和有效的群体遗传多样性监测，导致群体遗传多样性降低、种质退化，珍珠产量降低等问题，亟需开发科学有效的人工遗传育种技术手段。分子辅助育种(MAS)，作为一种有效的辅助育种手段，被逐渐应用于软体动物的育种研究，但分子标记特别是SSR和SNP标记，在珍珠贝中的研究还处于起步阶段，筛选开发稳定多态的SSR和SNP标记，对于马氏珠母贝的遗传理论研究和辅助育种具有重要的推动作用。
本研究中，通过对103050条序列片段进行筛查，共发现1450个微卫星位点，初步筛选其中97条作为用于微卫星筛选鉴定的候选序列，共筛选获得25个能稳定特异扩增并且表现出一定多态性的微卫星位点。利用上述位点对育种群体(W、G1、G2、G3、Do、Dr)进行遗传结构分析:共扩增获得108个等位基因，每个位点的等位基因数(Na）在2-6个不等，其大小在111-362bp之间，每个群体的平均群体观察杂合度(Ho）在0.5718-0.7366之间，平均期望杂合度(He）介于0.5830-0.6954之间，但平均PIC值均大于0.5。结果表明:群体遗传多样性呈逐渐降低趋势，但微卫星位点整体上多态性较高。对马氏珠母贝4个连续选育世代群体，配对比较Fst值逐渐升高，除Fst=0.0697＞0.05(WvG3)，其它Fst值均小于0.05，野生群体W与后续选育世代的遗传相似性逐渐减小(0.9485-0.9082-0.8688)，遗传距离逐渐增大(0.0529-0.0963-0.1307)。表明:随着选育的进行，育种世代间的发生遗传分化但程度不高。对于回交群体Do、Dr，平均Na、Ne、Ho、He、PIC值均高于第三代选育群体G3，遗传分化程度低于G3，表明回交使后代个体更倾向于轮回亲本。
此外，我们选取57条SNP候选序列，通过片段长度差异等位基因特异性PCR(FLDAS-PCR)检测分型方法，在40个野生个体中进行多态性分析，其中有16个(28.1％)SNP位点具有二等位基因多态性。稀有等位基因的频率介于0.0642-0.4375之间，观测杂合度(Ho）和期望杂合度(He）的范围分别为0.1282-0.4872和0.1215-0.4984，其中FM26、FM27两个SNP位点偏离哈迪-温伯格平衡。结果表明，通过FLDAS-PCR分型方法，可以便捷有效的开发用于群体遗传结构分析的SNP位点。