随着知识经济时代的到来,社会发展和进步的关键越来越依靠创新的推动。而区域创新作为国家创新的基础,越来越受到人们的重视,在区域创新的驱动下,区域内大学和科研机构、政府、企业、中介机构间的联系日益密切。在此背景下,如何解释创新产出效应的动因、结构、运行机制、互动机理、要素耦合等问题成为了学者们关注的焦点。但绝大多数学者对区域协同创新的研究都只限于两个子系统之间,鲜有对区域创新系统内部主体间要素的流动与耦合进行研究。鉴于此,本文在对已有研究进行整理和分析的基础上,以三螺旋理论为框架,对三螺旋理论的内涵、区域创新主体及其创新要素构成、要素流动、创新系统运行机制等进行了分析研究。之后,借鉴波特的钻石理论构建了区域创新主体间要素耦合—协同的理论模型,并从复杂系统协同论角度出发,借鉴物理学中的耦合概念,将区域创新系统中的大学和科研机构、政府、企业以及科技中介机构等创新子系统间相互影响、协同发展的程度定义为区域创新系统耦合协同度,构建了耦合关联度和协同度模型。在此基础上,以三螺旋创新主体为划分依据,分别建立了各子系统的区域创新耦合—协同评价指标体系,并运用熵值法对权重进行了科学计算。最后,对辽宁省区域创新发展状况进行了实证分析,选取我国进入新世纪经济转型、大力建设创新型国家新时期为研究阶段,分析了辽宁省2003、2006、2009及2012年的区域创新耦合协同度,以了解新时期辽宁省区域创新所取得的阶段性成果。研究表明：2003至2012年,辽宁省区域整体的创新耦合度偏低,大多处于中度耦合及失调状态,仍处于成长阶段。直至2012年才刚刚进入勉强协调的阶段,协调程度仍比较低,但总体上呈现出逐渐协同上升的趋势。在对上述结论进行分析的基础上,针对其薄弱环节提出相应的对策建议,在今后的创新活动中,辽宁省要充分重视企业在创新活动中的主体地位,加大政府支持创新的力度,增强大学和科研机构的协同创新作用,加强产学研协同创新机制建设,建立和完善中介机构,同时加强区域协同创新平台建设等,以期对今后辽宁省的区域协同创新提供参考。