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肠外致病性大肠杆菌(Extraintestinal pathogenic Escherichia coli,Ex PEC)是一类能引起人和动物肠外组织感染的重要人畜共患病病原。Ex PEC已被证实可引发脑膜炎,尿道炎,腹膜炎,肺炎,败血症等疾病。但目前,国内外针对Ex PEC的研究主要集中于人源、禽源和猪源Ex PEC,而对羊源Ex PEC的相关研究却鲜有报道。2016年春季,吉林省延边地区某规模化肉羊场的育肥羊陆续发生了呼吸系统疾病,病羊表现为严重的呼吸困难。该羊场技术人员主要采用β-内酰胺类药物、四环素类药物对病羊进行治疗,但并未治愈,且陆续有30多只羊发生了死亡,给该羊场造成了极大地经济损失。为查明导致该羊场发生呼吸道感染的病原,本研究对送检的3只病死羊进行了常规的实验室剖检,病理组织学检查,并对病死羊的肺脏组织和鼻拭子样品进行病原菌的分离鉴定。在此基础上对病原菌进行药物敏感性检测和全基因组的高通量测序分析,实验结果如下:(1)对送检的3只病死羊剖检后发现其肺脏存在明显病变,肺脏病理组织学检测结果显示,肺脏间质增宽、细支气管壁脱落、水肿,此外伴有巨噬细胞和嗜中性粒细胞浸润。对肺脏进行病原菌的分离,并用分离菌进行小鼠致病性试验,结果显示分离菌具有较强致病性。采用分子生物学方法对分离菌进行了16S r DNA测定,结果显示该菌16S r DNA序列与大肠杆菌序列同源性达到100%,将其命名为E.coli-slyb。(2)采用平皿二倍稀释法对E.coli-slyb进行药物敏感性检测,结果显示E.coli-slyb对丁胺卡那霉素、链霉素、大观霉素、环丙沙星、诺氟沙星、恩诺沙星、氨苄西林、阿莫西林、氯霉素、复方新诺明等10种临床常用抗菌药物均呈不同程度的耐药性,对庆大霉素、氟苯尼考、氧氟沙星中度敏感,仅对强力霉素、头孢噻肟、头孢曲松、多黏菌素B等药物较敏感。(3)为进一步探究E.coli-slyb的耐药基因型和毒力因子,采用高通量测序方法对E.coli-slyb进行全基因组的测序分析。结果显示E.coli-slyb基因组携带bla ACT-5、bla ACT-9、bla CMY-20、bla CMY-87、bla CMY-84、bla CMY-80、bla CMY-7、bla CMY-98、tet(34)、dfr A3等10个耐药基因,可分别介导对β-内酰胺类药物、四环素类药物、甲氧苄啶类药物耐药。同时,该分离菌的基因组上存在172个毒力基因,其中包含HlyE、FyuA、irp2、eaeH等肠外大肠杆菌所特有的基因,证明该菌是肠外致病性大肠杆菌。