TaqMan探针熔解曲线技术检测遗传性耳聋基因

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耳聋是影响人类健康的常见致残性疾病,其中约三分之二由遗传因素导致,多为感音神经性耳聋。遵循孟德尔遗传规律的非综合征型耳聋(non-syndromic hearing impairment,NSHI)最常见(约70%),以常染色体隐性遗传(约75%-80%)、常染色体显性遗传(约20%)、X-连锁(约2-5%)和线粒体母系遗传(约1%)的方式传给下一代。常染色体隐性遗传的NSHI多具有先天性、稳定性、严峻性等特点,多导致重至极重度的语前性耳聋。然而常染色体显性遗传的NSHI多为语后性耳聋,听力呈渐进性损失。经数十年的发展,致聋基因的探索及发现为临床诊断、预防及治疗奠定了坚实的基础。目前,NSHI定位已至177个基因座(DFNB103、DFNA67、DFNX6、AUNA1、DFNM2和DFNY1),约克隆97个基因(http://hereditaryhearingloss.org),发现上个千突变位点(http://deafnessvariationdatabase.org),近年来高通量测序技术的飞速发展,使耳聋基因的数量呈直线上升,但仍有近百的基因与耳聋疾病的关系仍然不明。GJB2、SLC26A4和mtDNA12S rRNA基因为我国常见的致聋基因,在非综合征型耳聋中可检出约20%的患者携带GJB2基因。目前,我国多采用基因芯片技术或基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱检测4个常见耳聋基因的常见突变位点,但由于价格昂贵,耳聋基因检测一直难以在医院普及。本研究选择普通的TaqMan探针,利用常见的荧光PCR仪器,成功建立了探针熔解曲线技术。利用该技术分析我国非综合征型耳聋患者、前庭水管扩大(EVA)家系及药物性耳聋患者的常见致聋基因的热点突变(GJB2的35delG、176-191del16、235delC、299-300delAT,SLC26A4的IVS7-2A>G、1229C>T、2168A>G,mtDNA 12S rRNA的1555A>G、1494C>T),并利用测序技术对其结果进行对比验证。结果显示在非综合征型耳聋患者中有19.4%的患者携带GJB2基因,而正常人的携带率为1.4%。SLC26A4基因在前庭水管扩大家系中检出率可达84.2%,药物性耳聋患者多为1555A>G突变的携带者。所有检测结果均与测序技术结果一致。1555A>G突变位于mtDNA 12S rRNA基因上,多为同质性突变,但少数家系具有异质性突变的特点。近年来有少量文献报道1555A>G异质性突变家系,其随着突变负荷的不同可表现出正常听力或程度不一的听力损失,且不同的突变负荷向下一代的传递亦不一致。本研究利用TaqMan探针熔解曲线技术精确定量mtDNA 1555A>G突变负荷,并与DHPLC技术及测序技术进行对比分析,探索探针熔解曲线技术在检测异质性突变方面的应用。结果显示探针熔解曲线技术可检测出19%至86%范围内的异质性突变水平,比Sa nger测序技术多检测出1例异质性突变(85.84%),比DHPLC技术少检出3例(11.90%,14.80%和97.90%)。TaqMan探针熔解曲线技术在同质性突变方面的检测具有价廉、简单、自动化、灵敏等特点。闭馆操作、不易污染,易于在基层医院普及,从而实现耳聋基因临床筛查,减少聋儿出生,减轻家庭及国家负担。本研究中,TaqMan探针熔解曲线技术在检测19%至86%范围内的异质性突变负荷方面具有一定的可信度,但灵敏度不及DHPLC技术,仍需要进一步优化来提高探针熔解曲线技术在异质性检测的灵敏度及特异性。
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