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目前我国现有家兔品种很多,但因缺乏优良家兔种质资源遗传评价的技术标准,出现了优良品种保种效果欠佳等系列问题。微卫星(SSR)标记在不同家兔群体遗传结构中已经有一些应用,但在标记数选用上尚存在着较大的随机性,且样本容量大小缺乏明确的标准。为了有效地保护家兔的种质资源,开发、完善种质评价的各种遗传指标,本研究选取45个SSR标记,通过设立样本量和标记数的不同梯度,分析对群体遗传参数的影响,建立了家兔种质资源遗传评价方法,并以不同世代的家兔模型,利用该评价方法检测保种效果。该方法不仅为家兔优良种质的评估与建立提供一种快速、有效的参考,还为开发家兔优良种质评价提供技术和标准,促进我国家兔产业健康稳定、可持续发展。主要研究结果如下:1、利用45个SSR标记分析新西兰白兔种群的遗传多样性,寻找SSR标记最佳组合。在样本量和标记数上设置不同梯度,分析各种遗传参数(平均有效等位基因数Ae、平均期望杂合度ExpHe、平均多态信息含量PIC)变化趋势。首先对45个SSR位点进行哈迪-温伯格平衡检验,结果发现其中显著或极显著偏离平衡的位点有33个;通过连锁不平衡方法计算有效群体大小为56.5。进一步分析得出Ae、ExpHe、PIC分别位于1.798-1.960、0.380-0.451、0.310-0.382,在样本容量60以上且标记数目23以上时趋于稳定,Ae、ExpHe、PIC分别为1.955、0.450、0.381。从节约资金、提高效率角度,建议在利用SSR标记对家兔进行有效遗传评价时,样本量在60以上且标记数在23以上时较为合适。并通过23个位点的30个组合比较分析,确定了 23个位点的最佳组合方式,且此23个标记位点基本分布在不同染色体上。2、对比分析利用45个和23个SSR标记对新西兰白兔和青紫蓝獭兔遗传多样性的监测效果,结果显示新西兰白兔45个SSR标记下等位基因数(A)、Ae、ExpHe、观测杂合度(Obs He)、PIC 分别为 3.333、2.093、0.473、0.504、0.400;23 个 SSR标记下A Ae、Exp He、PIC He、分别为 3.565、2.185、0.480、0.513、0.412。新西兰白兔 45 个和 23 个SSR标记位点各遗传多样性参数均值较为接近,均不显著(P>0.05);同样,青紫蓝獭兔45个和23个SSR标记位点各遗传多样性参数均值较为接近,均不显著(P>0.05)。因此,无论从建系的肉兔品种新西兰白兔,还是从间隔较远的皮用青紫蓝獭兔均证实了利用23个位点建立的家兔遗传评价方法可行。3、利用最佳SSR标记位点组合评价青紫蓝獭兔3个世代间的保种效果。结果显示青紫蓝獭兔第一世代、第四世代、第五世代的A分别为3.174、3.087、3.174差异最小,三个世代的Ae、Exp He、Obs He、PIC差异较大;而青紫蓝獭兔3个世代间各遗传多样性参数差异均不显著(P>0.05),说明余姚欣农种兔场有效的保存了青紫蓝獭兔的种质遗传特性,同时,也验证了建立的遗传评价方法可用于评价家兔种质资源的保种效果。