在知识经济时代，区域创新系统对区域经济的发展方式、发展水平起着重要而深远的作用，区域创新系统研究已经被各国、各地区广为重视。本文从创新投入、区域创新能力、系统仿真等多方面对区域创新系统进行了深入的研究。　　本文根据地区创新“市场拉动程度”以及“政府推动程度”将区域创新系统分为四类，在创新驱动城市（地区）中，选择三个代表性的省市——上海、广东、天津进行研究。为了研究区域创新投入与创新能力的关系，本文将研发经费投入、教育投入和创新环境投入（市场环境、金融体系）统称为广义上的创新投入，用专利申请量和R&D人员数量表征区域创新能力，构建了区域创新系统的系统动力学模型，并对三个不同模式的区域创新系统进行仿真，分析不同模式的区域创新系统中，创新投入对区域创新能力的影响存在的差异性，以及不同的创新投入对区域创新能力的影响程度的大小。最后，针对不同区域创新模式的创新发展特点，提出政策上的建议。