公司是市场经济的重要主体。改革开放后,我国经济和社会之所以能够以一个稳定的速度快速发展,公司在其中发挥着十分重要的作用。公司的健康发展不仅关系着广大投资者的利益,更影响着国家经济的平稳增长。目前来看,我国的公司治理结构存在很大缺陷,带来最主要的问题就是中小股东的权益遭受侵害。中小股东是指相对于大股东而言投资较少、表决权有限、不能对公司产生实际控制的股东。这些股东数量多分布广,联系也十分有限,与大股东相比处于劣势地位,难以与大股东抗衡。但中小股东是公司获得资金支持的主要力量,是公司发展不可或缺的部分,因此保护中小股东权益迫在眉睫。我国《公司法》进行了几次修订,虽强化了对中小股东的保护力度,但仍有许多不足。如何有效地保护中小股东权益?仍然是我国《公司法》完善的最核心问题。本文主要分为四个部分。第一部分以万科股权之争为例,指出我国目前公司治理结构存在的诸多问题之一是中小股东在公司处于被遗忘状态,同时其权益也一直处在受侵害状态。第二部分论述了传统公司治理结构发展的理论和主要模式,以及传统公司治理结构迫切需要解决中小股东权益受到侵害的问题。其原因主要有二:一是传统公司治理结构不合理,二是证券监管不力。第三部分提出了完善我国公司治理结构的理论建议。首先,对于公司财产权利结构进行解析。公司财产的所有权归股东,公司财产的经营权归公司法人;其次,运用财产归属与财产分离理论分析公司治理结构的成因;再次,以阿里巴巴合伙人制度为例,分析了我国当前为什么不能引进美国的双层股权结构;最后,比较国外典型国家的公司治理结构,结合我国现实,提出了完善我国公司治理结构的理念和基本框架。第四部分在现代公司治理结构下提出了保护中小股东权益的具体措施。具体有降低中小股东行权门槛、简化中小股东维权程序和强化证券监管力度等,以此来建立一个内外结合、相辅相成、分权制衡的公司治理结构,进而加强对中小股东权益的保护。