鼻咽低分化鳞状细胞癌的分子分类

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鼻咽癌(Nasopharyngeal Carcinoma,NPC)是一种具有中国南方特色的恶性肿瘤。病因学研究表明,遗传因素、环境因素和EB病毒感染均与NPC的发生有关。目前对于鼻咽癌的组织学类型尚未有统一的认识,不仅有多种组织病理分类方法,且各种亚型的名称也很混乱。临床上,鼻咽癌98%是低分化鳞癌;高分化鳞癌、腺癌、泡状核细胞癌等较少见。现阶段对其的主要治疗手段为放射治疗。但治疗效果不很理想,预后较差。放疗后5年生存率仅为45%左右。这种临床上的异质性提示,鼻咽低分化鳞癌可能存在多种不同的分子基础。 肿瘤的分子分类是指,以基因表达谱为根据,运用相关的分子生物学技术,结合一些计算机数据处理方法,筛选出数个或几十个肿瘤标志物,用以找出人类未知肿瘤亚型和/或将一些特殊肿瘤病例归入到人类已发现的肿瘤类型中,从而在分子水平上区分肿瘤的分子类型,以便更好地指导肿瘤的早期诊断,个性化治疗以及预后评估。这已成为肿瘤分子病理学中的一个重要研究方向。 cDNA微阵列(microarray)技术可高敏感地定性、定量检测基因表达水平,且其最大优越性是可同时对所研究的对象中成百上千个基因的表达情况进行检测或平行对比这些基因在不同组织中的表达。因此,利用cDNA微阵列筛选肿瘤标志物是一条十分有效的途径,也是肿瘤分子分类的主要手段之一。 本实验采用Research Genetics公司的具有4325个人类已知功能的基因(包括表达序列标签,ESTs)的微阵列GF211,与16例病理诊断为鼻咽低分化鳞状细胞癌且癌细胞量超过75%的鼻咽癌组织和15例正常鼻咽组织(从15个正常鼻咽组织本中分别取相等的RNA量混合一起,作为对照)的总RNA,经逆转录α-32P-dCTP标记探针后,分别进行杂交,得到了成人正常鼻咽组织和NPC组织中4325个基因(包括ESTs)的表达谱。再利用该公司所配套的分析软件Path册ys 4.0对它们的杂交强度进行分析,数据均一化后,可得到这两种不同组织的4325个基因的表达比值。 在GFZll微阵列4325个人类己知功能基因中(除微阵列中对照基因和看家基因外),有192个%T没有对应的序列名称“CCESS10NNUMBER),将它们从数据表中删除,故在数据分析中实际上只有4133个基因。首先,我们建立了鼻咽低分化鳞癌的4133个基因的表达谱,并且发现:在 16个鼻咽癌组织中表达均上调的基因有 69个,如 EZF转录因子1、表皮生长因子受体路径底物15。丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶11 (ANP3KI)、NB6A、应激诱导磷蛋白1等;在大多数鼻咽癌组织中表达下调的基因有15个,如小膜蛋白1、干扰素相关发育调节因子2等基因。然后,利用微阵列数据统计分析方法一SAM*ignificant analysis ofmicroarrays)软件从4133个基因中,筛选出328个差异表达的基因,建立了鼻咽低分化鳞癌的328个基因的表达谱,并从中找出20种参与信号转导通路的基因。其中,有删PK信号通路的5种成员基因,它们的差异表达及紊乱与鼻咽癌细胞的失控性、侵润性生长及远处转移的关系。 同时,基于4133个基因和328个基因建立的基因表达谱,运用CLUSTER和 TREEVIEW,分别对 16 个鼻咽低分化鳞癌标本进行分子分类。首先,对鼻咽低分化鳞癌4133个基因的表达谱进行层级聚类,通过TgyEVIEW纵览全局哈)地发现,16例鼻咽低分化鳞癌标本分为两类:NPC6。7、8、9、11标本成一类,而 NPCI、2、4、5、10、12、13、14、15、16、17分为一类,并且找出能较明确将 16个鼻咽癌标本分成两类的 69个基因。这提示,本实验中的鼻咽低分化鳞癌标本至少可以分为两类。然后,通过CLUSTER方法对 SAM筛选出来的 328个基因进行层级聚类,结果同样表明:鼻0因1分化鳞癌仍可以为两类:NPC6、NPC7、NPCS、NPCll这4例聚集为一类;NPCI、NPCZ、NPC4、5、9、10、11、12、13、14、15、16、17这12例则聚为另一类。与基于4133个基因分子分类的结果相比,两者的 分类基本完全一致,唯一的区别是:NPCg标本的“变异”,这可能与聚类 方法的局限有一定的关系。对分类结果的进一步研究,找到了可初步作为鼻 咽低分化鳞癌分子分类的34个候选基因。本实验的研究结果说明,研究中 采用的这两种方法进行的鼻咽低分化鳞癌的分类结果是可靠、客观的,具 .IV-有重复性。并且,本实验中的鼻咽低分化鳞癌在分子水平上存在两种亚类型的结果与本实验室基于CGH数据构建的鼻咽癌癌变树模型的提示一鼻咽癌存在三种类型较为一致。 为了筛选更有效的进行鼻咽低分化鳞癌分子分类的候选基因,将SAM统计法筛选出来的328个基因,根据Gene ontology Conso。ti皿的提法进行功能分类。并对初步用于分类的34个候选基因进行进一步的筛选,发现可能在基质细胞表达的有AtlUll、hW这两个。可以提示,本实验中的鼻咽低分化鳞癌的分子分类是主要基于来自鼻咽低分化鳞癌癌细胞的基因表达谱,并非间质细胞。同时,也筛选出15个基因作为将来用于鼻咽低分化鳞癌的指标:ae、CN、H OOB、删PZK、E
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背景:鼻咽癌的病因和发病机制尚不十分清楚,从种族易感性、家族倾向及地域差异来看,可能与血缘、遗传、地理环境和生活习性有关。流行病学研究提示鼻咽癌的发病可能与EB病毒感染
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