2013年4月,国务院牵头新一轮机构改革,重新组建国家食品药品监督管理总局,对食品药品实行统一管理。但在国家层面上,也就仅仅给出改革的宗旨,具体实施改革中,却没有进一步提出改革的具体细则。进而在省、市一级食药监部门改革过程中,出现了全国各不相同的改革局面。福建省莆田市政府在此轮食品药品监管机构改革工作方面上,立足实际,实行“条块结合”的改革模式。作为此轮食品药品监管机构改革的一份子,作者以食品药品监管部门在职人员的亲身工作经历,对这轮机构改革后的具体监管工作及存在问题进行对比、归纳、总结,通过对比改革后,莆田市辖区内县、区局实行垂直和属地化两种不同监管模式的运行机制、监管效率,提出优化完善食品药品监管监管模式。本文研究新颖之处在于能在同个时间段内,对同一地级市内实行两种不同的食品药品监管效率进行对比,对当前食品药品监管机构改革有个现实模型借鉴。本文研究的主要内容是针对此轮全国食品药品机构改革情况进行阐述,指出在当前大部制改变背景下,深化行政体制改革,改进政府监管职能是改革的核心问题。通过福建省莆田市内地区级实行食品药品监管市垂直管理的行政管理模式与县级实行县政府属地化市场监督管理局的行政管理模式,对这两种不同的食品药品监管模式的工作职能、运行机制、日常监管遇见的问题及原因分析等进行全面详述对比,进而如何更好优化莆田市食品药品监督管理机制。应实行垂直和属地相结合的监管模式,取长补短,进一步优化合并食品药品监管职能,统一执法法律法规,整合优化专业化监管队伍,提升公众对食品药品安全知识的知晓率及参与度,争取各方力量支持,进而提能增效。