近年来，我国不断出现贪污贿赂、恐怖活动犯罪案件中的犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡的情况。而针对此类案件，在之前的司法体系当中，在犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡的情况下，不得不中断或者终止进行的刑事诉讼程序，进而对其在犯罪行为中的违法所得也无法进行没收。这使得无法追回转移的到境外的资金，也无法将违法所得当中属于被害人的财产返还给被害人，这对国家以及社会造成了重大的财产损失。为了严厉打击携款外逃，以及进行跨国追赃的国际合作，我国需要建立一种符合《联合国反腐败公约》的在国际追赃上能与各国进行合作的违法所得没收程序制度。根据现实的追赃需要，以及为完善我国刑事诉讼体系为目的，2012年，在我国的新一轮刑事诉讼法修改中，将其作为刑事诉讼法的特别程序，把违法所得没收程序制度建立了起来。违法所得没收程序制度的确立之后，针对贪污犯罪和恐怖犯罪等重大犯罪案件，在犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡的情况下，可以将其违法所得进行没收，维护社会的正义。但是，作为一个新的诉讼制度，在制度的内容上也比较粗糙，在违法所得的认定、证据规则，以及程序中保障权利的基本措施等问题上仍不完善，需要进一步在理论和实践中完善。本文将从违法所得没收程序当中以权利保障为理论思考的出发点，运用比较研究和实证分析的方法，通过对域外相关制度和我国违法所得制度的研究，针对违法所得没收程序的性质、诉讼价值以及与其他程序制度的比较等基本的理论问题探讨之后，主要围绕违法所得程序当中的违法所得认定问题、所适用的证据规则问题、在程序中设立保障权利的具体措施等问题，找出尚待完善的问题，并提出了相关的完善建议。本文首先通过对域外相关制度的考察，主要探讨了违法所得的基本特点、程序价值、与缺席审判制度进行了对比以及在我国违法所得程序的确立和具有的基本内容。其次，针对本文中所要解决的问题，逐一进行了分析和研究。关于违法所得的认定问题，指出了我国现存的立法缺陷，并针对违法所得、违禁品以及供犯罪所用的本人财产上的认定，提出了自己的观点。关于违法所得没收程序的证据规则，从证明对象、证明责任和证明标准，三个方面进行了论述，针对证据规则中指出尚待解决和完善问题。关于程序中的权利保障措施问题，从每个基本程序作为切入点，探讨每个基本程序上的权利保障措施，指出目前我国违法所得程序的立法存在的程序上保障权利措施的不足，并对违法所得程序中的基本程序逐一进行了探讨。最后，在对违法所得没收程序中存在的问题进行的探讨的基础之上，对我国违法所得没收程序提出完善的建议。