论文部分内容阅读
【目的】应用染色体核型分析技术、染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术和无创产前检测(noninvasive prenatal testing,NIPT)技术,探讨基于低深度全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)的无创产前检测技术在胎儿染色体拷贝数变异(Copy number variation,CNV)中的检测效能。【方法】1.选取2017年9月至2019年5月间,于广州医科大学附属第三医院及广州市其他医院就诊且常规NIPT提示胎儿CNV的单胎妊娠孕妇873例,采取知情同意的原则,患者孕龄12-28周。纳入标准:常规NIPT提示胎儿CNV,单胎妊娠;排除标准:孕妇为染色体异常患者,一年内输注过异体血制品,一年内接受过移植手术,四周内接受过干细胞治疗及免疫治疗,具有侵入性产前检测手术禁忌症。2.收集孕妇和胎儿相关的基本资料,包括孕妇姓名、年龄、收集样本时的孕龄、孕产史和胎儿的临床转归;3.对样本进行染色体核型分析和CMA检测;4.通过低深度全基因组测序的方法对随机重排的样本进行无创产前检测,并采用母体胎儿拷贝数分析的血浆测序(Fetal copy-number analysis through maternal plasma sequencing,FCAPS)算法鉴定胎儿CNV;5.对比染色体核型分析和CMA的检测结果,评估NIPT对胎儿CNV的检测效能和临床意义。【结果】1.共收集873例样本,其中315例(36.08%)高龄妊娠,孕妇年龄≥35岁(中位数为38岁,范围35-51岁),558例(63.92%)低龄妊娠,孕妇年龄<35岁(中位数为26岁,范围18-34岁)。检测时的孕周为11-28周(中位数为19周),其中658例行羊膜腔穿刺术,215例行绒毛取样术。873例样本全部成功进行染色体核型分析及CMA检测。结果显示有825例正常样本和48例CNV样本,其中阳性样本组包括14例<2Mb的CNV样本和34例≥2Mb的CNV样本;2.48例CNV样本(大小约0.1-47Mb)通过低深度(0.51-1.19X)全基因组测序的方法进行NIPT,结果提示有41例CNV(85.42%)、2例非整倍体高风险(4.17%)和5例假阴性样本(10.42%);3.825例正常样本通过同样的检测方法,共检测出804例(97.45%)阴性样本和21例(2.55%)假阳性样本;4.对比CMA结果,14例CNV<2Mb的样本中,与结果不一致的有11例,与结果一致的有3例;34例CNV≥2Mb的样本中,与结果不一致的有5例,与结果一致的有29例,其中4例含有多个CNV样本中,与结果一致的有3例;5.NIPT对CNV总的敏感度和特异度分别为66.67%和97.45%,特别对≥2Mb的CNV,其敏感度和特异度分别达85.29%和98.18%,而对<2Mb的CNV,灵敏度和特异度则较低,分别为21.43%和99.27%。【结论】1.利用基于低深度全基因组测序的无创产前筛查技术检测胎儿CNV是可行的。2.基于低深度全基因组测序的NIPT技术不能取代CMA成为胎儿CNV的常规检测方法。