2012年刑事诉讼法增加规定犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序,该程序将处理违法所得法制化、程序化,为腐败案件、恐怖活动案件等重大刑事案件违法所得财产的处理提供了法律依据,对我国刑事诉讼制度以及惩治重大犯罪体系的完善具有重要意义。笔者认为将新刑事诉讼法规定的这一程序称之为“刑事独立没收程序”更符合其本质特征,本文拟对这一程序在理论和实践中面临的若干问题作较深入的探讨。我国的刑事独立没收程序与针对被追诉人定罪量刑的审判程序相分离,属于《联合国反腐败公约》中规定的未经定罪的没收程序的一种,是专门针对违法所得与涉案财产的处置程序；然而从本质上看,刑事独立没收程序仍然是相关刑事追诉活动的一种延续,程序启动和裁决结果与关联的普通刑事诉讼之间存在依附关系,因而是一种刑事诉讼程序。从程序设置的目的来看,这一程序贯彻了犯罪不得获益的理念,旨在通过追缴犯罪收益削弱继续犯罪的能力,从而有效地预防和打击犯罪；虽然其制度设计注重追求诉讼效率,一定程度上违背了程序参与、控辩对等原则,抛弃了证据裁判与司法最终裁决原则,但基于干预对象的可回溯性,限缩正当程序以最大限度地满足刑事司法的效率、正义价值也是具有正当性的。在刑事独立没收程序的审前阶段,对被追诉人财产状况进行调查、对涉案有关财物的价值进行合理评估,不仅有利于对共同财产进行合理界定与区分,而且能够为适当、科学的财产保全措施的采取提供依据。当前财产保全措施的适用标准不明,造成违法查封、扣押、冻结现象普遍；适用种类过少,不能充分满足特定财物有效保值的需求。因而应当在完善现行强制性处分措施的基础上增加新的保全措施来满足司法需求,而且必须要求申请机关能够提供充分证据证明保全措施的采取必要而合理。为了充分发挥其制度价值,可以适当扩大这一程序适用的案件范围,但同时应当完善实体条件、规范程序要件以确保其适用的必要性与合理性。基于正当程序的基本要求,被追诉人的辩护权必须得到有效保障,而基于财产权保障的司法需求,则应当合理分配证明责任、完善诉讼参与人的权利救济机制。